一般情况下，肠道菌群破坏会自己恢复，具体内容如下：
如果是在不进行任何处理的情况下，肠道微生物的损伤是可以自我修复的，就像是在不进行任何处理后，肠道菌群会自动回复到正常状态。重组后的肠道微生物种类会随着机体的自我调整而改变。如果是因为肠道菌群失调，或是抗生素的应用，都会对肠道菌群产生一定的干扰，而在机体的自我调节下，就会恢复正常。
肠道菌群失调的话，恢复需要大概1到3个星期的这样的一个时间来进行调节，肠道菌群如果受到破坏以后它是可以自行恢复的，但是可以服用一些益生菌加快这样的一个恢复，时间缩短，这样的话能够使人体肠道菌群尽快得到一个正常的水平。平时应该要注意饮食，要以清淡为主，不吃辛辣油腻、生冷、刺激性的食物，多吃一些温热易消化的饮食。
肠道菌群失调是一旦机体内外环境发生变化，特别是长期应用抗生素，敏感肠菌被抑制，容易引起菌群失调。
肠道菌群失衡是因为多种因素引起的，造成肠道内各个微生物的失衡。正常的肠道由乳酸杆菌、大肠杆菌、类杆菌等按一定的比率构成。肠道的消化不良、肠道炎症、受凉等有害菌的数量会随着体内内外环境的改变而降低，从而影响肠道的吸收。
肠道菌群失调症的表现有很多，具体分析如下：
人体的肠道中含有大量的微生物，这些微生物被称为肠道菌群，它们是维持肠道微生态平衡的重要组成部分。如果肠道菌群失调，会导致腹痛、腹泻、腹胀、恶心、呕吐、便秘等症状。根据病人的情况，会有不同的表现。如果是轻度的，则仅有轻度的大便不正常。严重的还会出现肠炎、溃疡性结肠炎等症状。这种病人可以口服双歧杆菌、酪酸梭菌、枯草杆菌等肠道的益生菌。
及时发现菌群紊乱是正确、有效的治疗的先决条件。细菌病的诊断由以下三个方面组成：
1、有无菌状态；
2、菌群失调；
3、引起菌群紊乱。
菌群紊乱的病人，往往会出现严重的痢疾或长期的痢疾，在使用抗生素时，如果出现了腹泻，或者本来的腹泻情况更加严重，就有可能是菌群失调。
菌群失调可以分为三个级别：
轻度（轻度）是一种可逆性的轻度菌群失调，在排除病因后，病情会逐渐好转，症状也会逐渐消失。
Ⅱ级（中等）菌群紊乱严重，清除原因往往无法复原，且多有慢性肠炎；
中度（重度）菌群失调，主要表现为细菌的交替和二次感染。通过对粪便特征的全面的分析，可以发现志贺菌、沙门菌、空肠弯曲菌、艰难梭菌、轮状病毒等具有特异性的诱发因素。
通常情况下，调节胃肠道菌群的药物有乳酸菌素片、思连康、整肠生、双歧杆菌胶囊等。
胃肠道菌群失调会导致腹胀、恶心、呕吐、反酸、嗳气、排气量增多、肠鸣、腹泻等症状。而整肠生、双歧杆菌胶囊、乳酸菌素片等都是调节胃肠道菌群的常用药物。吃这些药有助于调整肠胃中的微生物，促进消化，提高对食物的吸收。日常生活中要多吃高蛋白、高营养、高热量、低脂肪的食物，不能吃辛辣刺激、油腻、生冷的食物。另外，慢性胃炎、肠炎的患者可以口服甲硝唑、阿莫西林等抗生素。