空囊多数情况是由于染色体异常而引起，也有可能是接触放射性物质引起，要进行清宫手术，在计划妊娠前三个月要口服维生素片，直到怀孕后三个月，可以有效的预防胎儿先天性神经血管畸形，避免接触放射性物质以防止致畸。
早期的原因有黄体功能不全，精神因素，垂体功能不足，染色体异常，精于或卵子缺陷等。晚期最常见的原因是宫颈内口松弛、子宫畸形、子宫肌瘤、母儿血型不合、跌损伤胎等，子宫颈内口松弛的原因为先天发育异常，分娩、手术、人工流产刮宫损伤等，第一次怀孕即出现自然流产，如果找不到病因，以后再怀孕靠盲目保胎是保不住的。
空囊是子宫孕囊内，到了该出现胚芽的时候确没有胚芽，是胚胎早期停育的表现，胚胎停育的原因主要有，染色体异常引起孩子先天缺陷，不能继续生存下去，而自然淘汰，还有病毒感染、放射线、毒物毒、免疫方面的问题等。发现胚胎停育后建议及时行清宫手术，以免时间长了，引起子宫感染。下次怀孕前夫妻双方应检查染色体、优生四项检查、免疫方面检查等。
空囊是属于胎停的一种，现代医学认为早期的原因有黄体功能不全，精神因素，垂体功能不足，染色体异常，精于或卵子缺陷等．晚期最常见的原因是宫颈内口松弛、子宫畸形、子宫肌瘤、母儿血型不合等。
怀孕空囊的原因，这要因人而异。可能是由于男性精子畸形而导致，也有可能是由于女性卵泡质量异常，或者是女性有支原体、衣原体感染，甚至是其他病毒感染，比如巨细胞病毒、弓形虫病毒都可能引起。
