大多数肝囊肿都是先天性的，对人体没有特别大的危害，基本不需要治疗，如果体积特别大，可能会进行一定的治疗。它对人体的危害也不是特别的大，它和肝癌和其他的肝脏的疾病没有太多的关系。
如果是肝脏的囊肿比较小，不需要特别的治疗，可以定时进行检查。但若囊肿大且有挤压感，应立即进行囊肿开窗手术。如有炎症、囊液中有胆汁，应在开窗手术后进行导管引流。若有多囊肝脏的征象，应尽早进行肝脏移植。在日常生活中要注意保持情绪的放松，不要过于紧张和焦躁。另外还要注意多做一些运动，比如慢跑、游泳等，有助于改善症状。
右肝囊肿的治疗在5cm以上，而且对其他脏器有压迫或者出现肝脏功能改变时，需要在超声引导下经皮穿刺将囊液抽出后，再进行药物注射，来治疗肝囊肿，肝右叶囊肿的治疗也是这样进行的。一般需要看囊肿的大小，生长的部位，以及有没有其他并发症来决定。如果肝囊肿比较小，不需要进行干预治疗，需要定期进行复查。
肺囊肿治疗上可以先采用消炎、止痛类的西药治疗，或是采用些消炎、清热解毒类的中草药治疗。平常要求以清淡饮食为主，戒烟酒等。如果不忌嘴，有可能会导致肝功损害等。这种病通常不会有遗传性。
一般来说，肝囊肿并不需要口服药物进行治疗。
除肝囊肿出现感染需要静脉用药的特殊情况外，通常情况下，针对较小的肝囊肿，仅保持定期彩超随访观察即可；而针对较大的肝囊肿，通常采取腹腔镜下肝囊肿开窗引流术或者局限性的肝段切除术等手术治疗。
肝囊肿患者平时应该适当运动，比如慢跑、游泳等，早睡早起，注意多休息，适量吃新鲜的水果和蔬菜，并清淡饮食，有利于身体健康。
