巧克力囊肿的手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病通常使用的处理方法。目前认为以腹腔镜确诊、手术+药物为内异症治疗的一般选择。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。
通常巧克力囊肿大于五公分以上时，由于剧烈的活动，或者同房等原因，就可能会引起巧克力囊肿破裂，这时就会引起剧烈的下腹部疼痛。所以就必须赶紧去医院急诊就诊，然后行腹腔镜微创手术，或者直接行开腹手术，将破裂的巧囊切除，而且还要将盆腔内的巧囊液完全清洗干净。
三种治疗方法可以对付卵巢囊肿。传统手术，会带来一定创伤，囊肿容易破裂引起复发；腹腔镜手术，有较好疗效，手术费用不菲，但术中囊肿易剥破，导致盆腔黏连、化学性腹膜炎等；经阴道超声介入手术，微创诊疗技术，定位准确，不伤其他组织，复发率低，不影响生育。
子宫内膜异位瘤一旦形成，其异位的程度很可能已达中度以上，若再加上卵巢外侧黏连，则很容易变为重度异位症。其治疗主要以开刀切除囊肿为主，药物为辅；抽吸（配合超音波进行）囊肿只能减少囊肿直径，是为了提高手术或药物的效果，并不能作为主要疗法。
巧克力囊肿并不能抽调。巧克力囊肿是子宫内膜异位症，异位到卵巢上的一种表现。治疗卵巢巧克力囊肿，可以选择药物治疗或者是手术治疗，药物治疗适用于有慢性盆腔痛，经期痛症状明显，并且有生育要求较大的卵巢囊肿的人。
巧克力囊肿手术之后要注意，定期复查肝功能，生活上要注意的，就是好好休息一个月，一个月内不能性生活，不能盆浴，不能游泳。生活上还需要注意的就是不要吃冷冻的食物，不要抽烟喝酒。
