如果龋坏后的智齿疼痛不明显，是可以在去掉龋坏牙体组织后充填窝洞的。如果龋坏已经引起牙髓炎，智齿产生剧烈的疼痛或者牙冠的龋坏已经破坏了大部分的牙冠，智齿无法保留，没有必要进行根管治疗和修复，直接拔除智齿即可。如果智齿牙位不正、埋伏阻生或没有对颌牙、没有咀嚼功能，可以直接拔除有洞的智齿，不用修补。
智齿的蛀牙的处理方法会根据疾病的严重程度来选择，如果症状轻微，补牙会比拔牙更好，如果症状严重，就需要拔牙。位置正常的智齿，发生蛀牙，可以选择补牙，就可以将智齿修好，继续行使功能。智齿的存在可以帮助咀嚼。如果智齿有蛀牙，并且影响着其他牙齿的健康，就应该选择将智齿拔掉。
智齿有洞开始疼了应该拔牙，由于颌骨的退化和牙齿退化不成比例，往往导致第三磨牙萌出位置不足而出现阻生，阻生的牙齿刺激周围牙周组织产生炎症成为智齿冠周炎。对于反复发生的智齿冠周炎以及咬合关系不良的智齿，要去正规医院口腔科进行拔除。
智齿没拔干净会导致拔牙创口的继续损伤，造成牙龈发炎，引发口腔疾病。智齿没有拔除干净，如果剩余的是部分的牙冠或者牙根，并且牙根的长度多于2mm，会导致拔牙创的再次感染。如果滞留的是低于2mm的牙根，这种情况可以不用再继续进行处理。牙根有可能会和牙槽骨融为一体，或者有可能牙根会慢慢出现吸收，还有可能是牙根慢慢的会排出来，在口内表面浅表的位置。如果出现以后可以再次拔除，可以防止拔牙创的继续损伤，尽量把拔牙创的损伤控制在最小。但是如果高于2mm，或者有残冠留出就一定要清理干净。智齿位置特别深，残留根尖比较小，可以留置观察；如果残留根尖比较大，建议及时到医院拔出，否则可导致发炎。
智齿拔除后局部疼痛都是正常现象，术后三天到达最高峰，三天后就会慢慢好转的，邻近牙齿出现松动的感觉，主要是局部牙龈肿痛，拔牙窝没有愈合的原因引起的等待伤口愈合后就会明显好转的，不用担心，可以口服消炎药物治疗即可。
