卵巢囊肿分和病理性，生理性的可随生理周期的变化可以自然消失。由于疾病生成的病理性的囊肿，往往需要手术来明确诊断并作相应的处理。有囊肿时先要检查确定为生理还是病理性，再做处理。病理性的卵巢囊肿做微创手术，术后两周就可以恢复了，若是做开腹手术，需要休息一个月才可以恢复。
卵巢囊肿有良性、恶性、交界性之分。良性囊肿如滤泡囊肿大都在5厘米以下3厘米左右，此时应观察三个月，若两个月左右的时间内滤泡囊肿缩小或未增大，那么过一段时间后囊肿便会自行消失，但若囊肿继续增大(大于5厘米)就必须手术治疗了。
可采用超声介入治疗囊肿，这是一种非主流手术方式，手术微创，治疗时间短（10-20分钟），不住院，随治随走。超声引导下做卵巢囊肿穿刺，抽吸囊液，囊液抽尽后，注入硬化药物，保留10分钟后抽出，这样就可将分泌囊液的细胞全部凝固，不再产生囊液，囊腔闭合。
卵巢囊肿术后一般1个月可以同房。
卵巢囊肿手术之后，通常要禁欲一个月。术后妇女身体的免疫力和抵抗力都会下降，一般要休息一个月才会痊愈。术后一个多月内可以有性生活，体质好、恢复的比较好。不过在同房的时候要温柔，不要做的太过激烈，在同房之前和之后要保持良好的个人卫生。如果出现身体不适，建议及时就医进行治疗。
卵巢囊肿一般两到三个月的时间能好，如果小于五公分的话，是不需要手术的，可以定期的复查，多休息，一般三个月左右会自行消退，如果卵巢囊肿超过五公分了，就要采取手术的方法，手术后恢复1-2周即可好转，其手术周期也会较短。
卵巢囊肿不好治疗，卵巢囊肿有良性、恶性、交界性之分，不是所有的囊肿都需要手术治疗。良性囊肿如滤泡囊肿大都在5厘米以下3厘米左右，此时应观察三个月，若两个月左右的时间内滤泡囊肿缩小或未增大，那么过一段时间后囊肿便会自行消失，无需手术。但若囊肿继续增大(大于5厘米)就必须手术治疗了。因此，发现后应进一步定期复检，明确是功能性还是肿瘤性的，以采取不同的治疗方法，不要盲目采取手术。
