亚甲炎的治疗方法一般是使用适合的药物。
亚甲炎又称芽肿性甲状腺炎、巨细胞甲状腺炎、非感染性甲状腺炎、移行性甲状腺炎、病毒性甲状腺炎等。治疗亚甲炎要对症，施用受体阻滞剂，缓解甲亢症状，同时用非甾体抗炎药物止痛，因亚甲炎是一种免疫反应，有些病人需激素治疗，病人要遵医嘱，适当调整药量，提前停药会导致复发，病情平稳后，切忌情绪激动，也不要再感染，防止反复发作。
亚急性甲状腺炎属于自限性疾病，病程在1到2个月就可以逐渐缓解，所以说在发病期的治疗主要是对症治疗为主，如果有疼痛可以服用一些止痛的药物；如果有发烧，可以服用一些退热的药物；如果伴有一些上呼吸道感染的症状，可以适当的服用一些抗病毒或者抗生素之类的药物。
选择肾上腺皮质激素。适用于持续发热疲乏无力，全身症状较重，甲状腺明显肿大或疼痛显著者。一般用药1-3天后发热和疼痛往往迅速缓解，一周后甲状腺肿常迅速缩小。病情好转后，可根据红细胞沉降率逐步递减激素用量，全程约1-2个月。
年轻女性被怀疑患有亚甲炎，是与病毒感染相关的自我限制疾病。主要表现为颈椎前区明显疼痛，可辐射至耳朵，吞咽时加重，伴有全身疲劳、食欲不振、发热、心悸、多汗等。亚甲炎检查显示明显的触痛和甲状腺肿。
中医治疗亚甲炎效果好，具体分析如下：
亚甲炎可能是水土失宜、饮食不洁、情志不舒等原因导致的，临床医学上多体现为身体削瘦、情绪淡漠、或者易于激动等症状。医治以清热去火、疏肝理气、软坚散结为主导。如果发生情绪抑郁、月经量少、颜色浅等症状，可以服用归脾汤合逍遥丸；如果表现出双下肢水肿双下肢浮肿、同时伴有大便不成形，多可伴脾虚血瘀证。
