会引起局部的疼痛，会压迫到神经引起麻木，也会出现关节活动时的卡顿感。可以通过手术切除囊肿的部位，也可以结合推拿针灸治疗，平时注意适当的活动关节，不要长时间机械性单一性的活动。
一般情况下，当腱鞘囊肿处于浅表位置，且囊壁较薄时，可以通过挤压使其破裂，这种情况下，腱鞘囊肿挤破并不疼。但是对一些深层的腱鞘囊肿，且囊壁比较厚时，挤压时就会伴有明显疼痛，而且不容易挤破。所以一般并不推荐采取挤压的方式来治疗腱鞘囊肿，患者可以通过腱鞘囊肿切除手术进行治疗，并且该手术也是一种非常简单的手术，术后复发的概率非常小。
当脚背的腱鞘囊肿较小的时候，通常没有临床表现，患者常常容易忽略，不易发现。
当囊肿变得越来越大，对周边的细胞造成压力时，病人会出现局部的肿块，只有在少量的时候，病人会感到疼痛和麻痹。如果没有明显的临床表现，不会对患者的生命造成任何的伤害，也可以先不治疗，只需要进行常规的追踪。当囊肿变大时，会出现局部疼痛、肿胀、局部皮肤发麻等症状时，建议做外科手术，彻底的将囊壁完全切除。
通常来说，腱鞘囊肿抽液很疼，具体分析如下：
腱鞘囊肿在抽取液体的过程中不会感觉到疼痛。刺痛感是从刺入囊肿的皮肤开始的，因为皮肤上有浅表神经和血管，所以在穿刺的时候会感到疼痛，但是在穿刺的过程中并不会感到疼痛。而且，如果将囊肿中的凝胶状物质抽出，也不会感到任何的痛苦，因为囊中没有任何的神经分布。在拔出针头的过程中，也不会有明显的疼痛。
手指关节的一个腱鞘囊肿考虑是痛风，平常疼痛的话可以吃点消炎药。也可以找中医做理疗或电针之类的治疗，晚上还要加强户外活动，多晒太阳，要吃低脂低蛋白的饮食，平时多喝水，多运动。
足部腱鞘囊肿的疼痛进行止痛，一般可在医生指导下口服布洛芬缓释片、芬必地等镇痛药，如果出现比较剧烈的情况，可以口服洛索洛芬钠、吲哚美辛等非甾体抗炎药。不过脚部腱鞘囊肿要注意控制，避免过度的运动，以免引起囊肿的其它变化。如果是足部腱鞘囊肿，可以通过外科切除和抽出脓汁来进行修复，有助于尽快改善病情，进而达到止痛的目的。
