巩膜色素痣可以通过激光治疗、手术治疗等方式进行治疗。
1、激光治疗：巩膜色素痣一般不会对眼睛造成任何影响，可能与先天发育异常、黑色素沉积等原因有关，基本不会有明显的临床症状。如果影响到美观，患者可以在医生的指导下采取激光治疗的方式进行处理。激光的巨大能量可以将色素击碎、分解，进而有效实现祛痣的目的。
2、手术治疗：如果巩膜色素痣的面积较大或者不符合激光治疗的适应症，患者也可以在医生的指导下通过手术切除的方式进行治疗。
建议巩膜色素痣的患者及时就医，通过检查明确具体的情况后，结合自身实际，在医生的指导下选择合适的方式进行治疗。
对于一些面部影响美观的细小黑色素痣，可采用激光来治疗，激光去痣治疗方便，效果显著；皮肤色素痣多数是由于先天遗传因素，出生就有的，如果突然出现并且变大，生长较迅速，还应该考虑是否是黑色素瘤，如果是黑色素瘤的话，应该及时尽早去医院采取激光，加水进行治疗，或者是采取微创手术处理。单纯性的色素痣，一般激光治疗就可以。
可以采用激光治疗的方法。激光去除色素痣做法是首先用药物擦洗治疗部位，消毒，然后用激光作用于病变皮肤，传输的能量会在瞬间使组织里的水分气化，同时带走有色素的皮肤组织，而不伤及周围健康组织。但是如果面积较大的色素痣，而且颜色比较深，就需要采用植皮的治疗方法。
色素痣可以通过液氮冷冻的方式进行去除。
色素痣主要是人体皮肤基层内黑色素沉淀过多，导致堆积，出现黑色、深褐色的色素痣。液氮冷冻治疗主要是通过液氮的冷冻能力，将皮肤内层的黑色素细胞组织进行瓦解、破坏，使色素形成水疮，随着自身的代谢排出体外，从而达到去除色素痣的效果。
日常生活中出门需要做好防护措施，涂抹防晒霜、防晒喷雾，穿戴防晒衣、太阳镜等，也需要避免摄入色素过多的食物，例如：咖啡、酱油等食物，避免体内黑色素沉淀，加重色素痣。
眼角长色素痣一般并不用治疗。
眼角有色素痣，一般是不影响眼睛的正常功能的，提出不需要治疗。色素痣如果影响了眼睛的正常功能，可以考虑是由于黑色素痣的面积很大，或者是有增大的迹象需要手术治疗，。另外，如果色素痣的体积太大，可以通过移植皮肤，或局部皮瓣来进行相应的处理。这样既能在术后达到更好的效果，又能在眼角术后保持更好的状态。
