肾小管损伤的治疗需要针对病因进行治疗。如果是腹泻、呕吐、中暑等原因造成的身体脱水，进而影响到肾脏血液供应，需要输液，甚至输血，恢复肾脏的血液供应。如果是药物、食物中毒引起的肾小管损伤，需要尽快清除掉身体内的毒物，有的病人还需要使用糖皮质激素来控制肾小球、肾小管以及肾间质的炎症。如果是风湿性系统的疾病，比如干燥综合征，病人可能需要使用糖皮质激素以及免疫抑制剂进行治疗。
肾小管损伤可以治好，取决于是急性肾小管损伤还是慢性肾小管损伤。如果是急性肾小管损伤，多数是由于肾毒性药物引起的，比如非甾体类的消炎药和氨基糖甙类的抗生素。
腹透比较好一点。 腹透把人体的腹膜作为半透膜，把水引到腹腔里，经过腹膜的交换清除毒素。优点是清除中分子毒素能力比较强，同时患者是不用到医院里，在家里做就可以。因为患者本身自己的操作，有些患者容易出现腹腔感染。当然，做透析对肾脏的残余功能还是有保护作用，血透的特点是把血引到透析器里，通过透析器把血洗1遍，然后再清除毒素，优点是清除小分子毒素比较好。患者只要躺在床上，医生护士解决所有的问题。但是对有些病人，比如有心功能不全或者本身血液动力学不稳定的患者，可能会造成血液动力学不稳定。建议据病人的不同情况进行选择，两个都是尿毒症患者的替代治疗方案，饮食上多吃新鲜水果蔬菜，以清淡为主，另外保持睡眠充足。
如果是因为药物因素引起的肾小管损伤，首先要停止使用这种药物等待肾小管上皮细胞再生恢复，尿液较少的应严格计算24小时出入水量，严重者需进行血液透析治疗，不及时治疗可能造成急性肾衰竭。
肾小管损伤在去除了引起肾小管损伤的诱因以及合理的纠正和治疗以后，大部分都能完全恢复，但是对于一些长期慢性的肾小管损伤，如药物性的肾脏损伤就需要长期的药物治疗。
