乌苯美司胶囊的不良反应偶有皮疹，瘙痒，头痛、面部浮肿和一些消化道反应等，比如恶心、呕吐、腹泻、软便等。个别可出现一过性的轻度AST升高。不要患者个人进行服用，需要在医生指导下使用。
乌苯美司胶囊是属免疫增强剂，在使用过程中的副作用的情况下，会偶有皮肤过敏的反应，比如会出现皮疹，瘙痒，此外还有可能会引起头痛。还有消化道的反应，部分病人使用药物以后可能会出现恶心呕吐，或者会出现腹泻。
抗乙肝病毒治疗主要是核甘类抗病毒药和聚乙二醇干扰素为主。聚乙二醇干扰素治疗乙型肝炎具有双向免疫调节作用的优势，既可以降低乙型肝炎病毒载量，又可以增加血清转换率。但是，聚乙二醇干扰素的副作用比较多，常见的副作用是，初期会有流感样症候群的表现，可以导致白细胞和血小板降低。另外，常见的副作用还有对于患者情绪的改变，以及有高血压，糖尿病等，应该慎用。
打干扰素的副作用比较多，最常见的有对骨髓系统的抑制可以出现白细胞、血小板下降；有可能会造成免疫系统紊乱，比如诱发自身免疫性肝炎、甲状腺疾病等；会干扰血糖，对于本身有血糖代谢异常或者糖尿病患者，干扰素有可能会导致血糖紊乱；有可能会诱发精神因素，干扰素有可能会导致患者出现抑郁症或者焦虑症等精神问题；干扰素有可能会导致心脏传导系统出现问题，比如最常见的就是出现病态窦房结综合征。
干扰素2-7天副作用就会消失，打了干扰素后，免疫系统消除病毒机能被充分调动起来后，身体是会出现明显的机体免疫反应症状，打过干扰素后注意休息是减轻症状有效方法。
