眼部扁平疣一般会自行愈合。
扁平疣是由病毒感染引起的，有传染性可自行接种，扁平疣有轻微的瘙痒，搔抓后再接触其它部位的皮肤，有可能出现新的疣体长出。患处擦维A酸乳膏、氟尿嘧啶软膏、病毒灵、异维A酸胶囊等。在治疗过程中要注意不能吃辛辣刺激性的食物，平时可以多吃一些清淡的食物，尽量不要去搔抓，要多运动，提高身体的免疫力。
需注意，眼部扁平疣一般持续1-3年，建议早期发现早治疗。
治疗方法有很多种，可以选择免疫调节剂以及抗病毒的药物或者局部激光等治疗措施。有这种疾病一般是不会导致疼痛的，只是皮肤粘膜凸出皮肤.和皮肤颜色一样的一种皮疹。如果伴随疼痛的话，有可能是属于带状疱疹，需要到医院去看看。
一般情况下，扁平疣通常不会长在肛门处，但肛门处可能出现类似扁平疣的皮疹，具体内容如下：
扁平疣通常会发生在患者的肢体部位，一般不会长在肛门处。但是，肛门处可能会出现扁平湿疣，其外观类似于扁平疣，多为淡粉红、密集分布的扁平样疣体，这是二期梅毒的特征性表现之一。因此，如果患者肛门处出现了类似扁平疣的皮疹，患者应及时就诊，明确病情后对症进行治疗，以免耽误病情。
目前扁平疣几种治疗方法：1口服中药.由于从口服到内脏吸收到达皮肤，药力损耗大，这种口服中药运用扶正祛邪的原理，不是直接杀灭病毒，所以效果并不理想，并且要长期连续服用几十天，一般人很难坚持.2注射激素.西医治疗扁平疣主要注射激素来提高人体免役功能.3采用激光铲除的方法.即使当时铲除了，往往过了几个月扁平疣还会重新发出来。
其实眼部扁平疣的治疗方法还是挺多的，激光治疗法就是其中的一种。激光治疗眼部扁平疣这个疾病的原理是应用激光仪产生的高强度的光束，而对扁平疣这个疾病进行很好的治疗，治疗完后，最大的好处是，没有疤痕的印记，所以利用激光治疗眼部扁平疣这个疾病是很多人采用的治疗眼部扁平疣这个疾病的方法。
