治疗难易取决于病人年龄，症状是否恶变，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，造成子宫附件的变形情况，是否保留生育功能及病人的主观愿望等因素而定。卵巢囊肿及时治疗，虽然小，但是也是要引起重视的。
一般情况下，卵巢囊肿消失了可能是生理性囊肿的情况。
卵巢囊肿消失了往往意味着这种卵巢囊肿为生理性卵巢囊肿，生理性囊肿通常出现在月经周期的中期，由于身体激素的变化，生理性囊肿一般会在月经结束后会随之消失，这种情况下，等到第二个月月经后复查时，往往就看不到卵巢囊肿，所以，卵巢囊肿消失了可能是生理性囊肿的情况，通常不需要进行特殊处理。
考虑是慢性炎症引起的平时注意休息，加强营养，避免劳累，保持会阴部清洁，勤换内裤，合理饮食多多食用一些清淡的食物，避免食用辛辣刺激性食物注意卫生，保持外阴清洁干燥。
本病多为良性病变，通过治疗可以治疗好的，是否切除卵巢，是要根据术中具体情况而定。怀疑恶性肿瘤需要手术完全切除，术后需要辅助放化疗，中医中药综合治疗。因此在医生指导下治疗就可。
来月经后，如果在月经中期发现卵巢囊肿，可能是有生理性的黄体囊肿的可能，不用采取治疗。
在正常月经周期中，卵泡从初级卵泡，再到排卵前，卵泡逐渐发育成熟，而在排卵以后，黄体形成，可能会导致黄体细胞直径变大，从而致使黄体达到1~2毫米左右。如果精子与卵子结合，黄体就变为妊娠黄体，未受精则变为白体。月经后出现的卵巢囊肿，大部分可能就是生理性的黄体囊肿。
所以月经后出现无症状性的卵巢囊肿，可以随身观察，不用治疗。
卵巢囊肿是黄体囊肿，属于正常生理现象。卵巢在排卵后形成黄体，正常成熟黄体直径2～3cm，是囊性结构，可使卵巢略增大。若囊性黄体持续存在或增长，黄体腔内有大量的积液，使腔的直径超过3cm以上者则称卵巢黄体囊肿。卵巢黄体囊肿可由于某种原因引起囊肿破损、出血，严重者可引起急腹症，出现腹痛及阴道流血，而与异位妊娠破裂极为相似。
