有的人术后会怀孕，有的人可能长期都无法怀孕。因为手术切除内异囊肿，并不能将所有的内异病灶切除，也无法改变腹腔内环境，因为手术无法解决失衡的生理机制和适合内异囊肿生长的内环境，很容易复发。而且手术无法改善低下的卵巢功能，甚至有可能造成损伤。
通常情况下，腱鞘囊肿刚做完手术不会复发。具体情况分析如下：
腱鞘囊肿是关节附近的可能与慢性损伤、结缔组织黏液退行性改变等因素有关的一种良性囊肿，常表现为肿块，少数囊肿可以自行消失，多数囊肿持续存在或有增大，患者需要采取手术治疗，如腱鞘囊肿切除术，能达到不错的治疗效果，因此腱鞘囊肿患者刚做完手术不会复发。
宫颈囊肿主要是由于宫颈的慢性疾病导致的，平时的慢性宫颈炎阴道炎都会引起宫颈囊肿，做了手术之后还是有复发的可能的。为了减少复发。在手术之后还是要注意会阴部的卫生，定期做妇科检查，平时性生活前后都要清洗，有炎症积极的治疗。
巧克力囊肿的复发率也是很高的，甚至更高。这主要是因为巧克力囊肿会造成囊肿壁与子宫组织发横粘连，手术很难将囊肿完整切除，在切除过程中多数会造成囊肿破裂，引起复发。吃药期间可以抑制囊肿不增长，但是巧克力囊肿的囊液根本不会因为吃药而消失。囊肿长大到一定程度由于囊内张力增高会导致自行破裂，可能由原来的一个囊肿发展成为两个甚至多个，由只是单侧囊肿发展变成双侧都有，所以要及早选择合理方法。
卵巢囊肿切除术后，应做病理切片进一步明确卵巢囊肿性质。术后应定期进行检查，因卵巢囊肿形成机理不明，卵巢排卵、卵巢组织增生则仍可再次形成卵巢囊肿。如较常见的卵巢巧克力囊肿，易复发，需通过使用口服避孕药、GnRH预防复发。
卵巢囊肿多数是不容易复发的，可以到医院进行B超复查近期身体的情况，不是恶性的卵巢囊肿有时可用一种叫做腹腔镜的仪器做引流治疗，但通常的治疗方法是将囊肿切除。实施这种治疗方法时，通常不会对卵巢造成影响。
