黏液腺囊肿是可以自愈的；一般要从饮食、卫生上注意，进行观察。如果反复发作就要选择手术治疗了。反复发作的粘液腺囊肿与周围黏膜无粘连的囊肿，可行摘除术。多次复发或有瘢痕粘连的囊肿，可行切除术；亦可考虑采用硬化剂注射，冷冻或激光治疗。
现在主要是下唇部位的粘液腺囊肿，这个囊肿不太大，所以暂时先观察比较合适，如果没有疼痛的转账，暂时不用治疗。现在可以先观察一段时间，如果是出现了疼痛肿胀或者是囊肿生长比较快，那就建议做手术治疗比较合适，有利于疾病的控制。
可以手术切除，也可以冷冻治疗也是可能的。手术后需要注意的是避免伤口感染，也需要抗感染治疗，但这种疾病很容易复发将囊肿的囊壁完整的切除，可以减少复发的概率，只要完整切除的话，复发几率是比较小的。
黏液囊肿不会自愈。通过手术切除，效果较好。手术时采用局麻方式，切除囊肿及与其相连的黏液腺体。但由于切口周围黏液腺体非常丰富，手术本身有可能损伤到腺体组织，受损伤的腺体组织有可能又演变出新的囊肿，因而本病有可能复发或再发。
皮样囊肿不切除可能会导致局部出现化脓性感染。
皮样囊肿临床种类较多，如不及早切除治疗，可发生某些化脓性感染，并且对患者外观情况有很大的影响，不同程度地增加了患者心理压力。所以对于这种病要及时进行诊断并做好预防工作。提示患者发现后，宜立即手术切除处理，那么手术后就必须多在家里休息了，食用绿叶蔬菜、水果，促进疾病康复。
