肾囊肿对于人体的影响更多在于其占据了肾实质的位置，压迫肾实质影响肾功能的角度。如果肾囊肿在肾里，尤其在肾实质里，一般随着囊肿增大会压迫周围的肾实质，导致局部的肾实质缺血，最终影响肾脏的功能。有些特殊的囊肿对人体的影响更为巨大，比如囊性肾癌。
肾囊肿容易导致肾功能异常，或是破裂出血等并发症的，如果肾囊肿是良性的病变，如果较小，是无需治疗的，定期复查就可以了，如果较大超过5cm，是需要考虑手术的。
肾囊肿是肾脏良性病变，具体原因不明，可能与肾小管憩室有关，随着年龄的增长，囊肿可以持续增大。当囊肿增大以后，可以压迫肾脏及周围组织，引起腰酸、腰部不适等症状。囊肿大于4cm，可以考虑手术治疗。最主要的手术方式是腹腔镜下肾囊肿去顶减压术，手术效果良好。如果囊肿在4cm以下，可以定期复查，暂不需要手术。
肾囊肿较小时，一般对肾脏没有危害，较大的肾囊肿可能会压迫肾集合系统导致引流不畅，从而产生肾积水或结石，有的囊肿会引起肾素分泌增多从而导致血压增高，巨大肾囊肿可能会压迫临近器官和组织，从而导致相应症状和损害。
肾囊肿的治疗具体要看囊肿的大小而定。如果囊肿小于5cm则暂时无特殊治疗方法，但是需要注意饮食与药物对囊肿造成影响，同时3-6个月需要复查肾脏超声，观察囊肿是否增大。当囊肿大于5厘米时可以采取囊肿穿刺硬化治疗、囊肿去顶减压术或者肾脏切除术等。
