可自我愈合，不需手术。腘窝囊肿可分为先天和后天两种，前者多见于儿童，后者可由滑囊本身的疾病如慢性无菌性炎症等引起，部分是并发于慢性膝关节病变而导致的。老年人发病则多与膝关节病变如骨性关节炎、半月板损伤等有关。
如果囊肿比较小的，是可以治好的，自己逐渐的消失的。这种囊肿大部分情况下还是由于膝关节内的大量的关节积液，通过一定的通道跑到关节后面而形成的。长时间的站立行走以及剧烈运动会，导致膝关节的骨性关节炎加重，炎性渗出，同时还会出现滑膜炎症，导致关节腔积液增多，液体就会形成腘窝囊肿。
腘窝囊肿跟过度劳累或局部肌腱肌肉等软组织炎症有关，中医方面用中医辨证论治，对证治疗，如用活血化瘀，健脾利湿，消肿止痛的方药，外用舒筋活血的药物外敷会有所好转。
腘窝是膝关节后侧的一个解剖结构，发生在该处的囊肿就叫做腘窝囊肿。腘窝囊肿多见于膝关节本身有基础疾病，比如膝关节退行性关节炎、膝关节半月板的损伤、膝关节类风湿性关节炎等。
腘窝囊肿通常都需要在手术切开治疗。在手术直视下将腘窝囊肿完全分离，完整的将整个囊壁切除下来。术中可以根据腘窝囊肿大小，决定是否先切开囊肿，将囊液放出，再做出进一步的囊壁剥离。
腘窝囊肿不断增大，从而可以影响到膝关节的伸屈活动，尤其是可以明显的影响到膝关节的屈曲活动。另外，也可以造成对周围重要的血管神经的压迫，从而引起下肢的缺血症状。
