灰指甲是由于真菌引起的，可遵医嘱使用抗真菌药物，使强有力的灭菌物质渗透甲板屏障，直接到达甲根、甲沟、甲床上的病变处，进而杀灭真菌。
小孩灰指甲是由真菌感染引起的，是由指甲与甲小皮的连接处引起的。小孩灰指甲一般不适合治疗，因为服用治疗灰指甲的药物会对肝脏造成一定的刺激，如果给小孩服用了，会影响到小孩的成长和身体健康，可以使用硝酸舍他康唑乳膏或足光散浸泡脚部，这样可以起到一定的抑制作用。当小孩年龄超过16岁时，可以服用特比萘芬片或伊曲康唑片，持续服用3-6个月后，灰指甲的变化就会消失。
灰指甲是一种具有传染性的皮肤科疾病，如其得不到有效的治疗，危害性将会很大，所以灰指甲的治疗是至关重要的。患有灰指甲，通常会出现指甲增厚，真菌侵入甲板或甲床后，甲板中的角质物受到真菌的作用而高度增殖，角质物的堆积使甲板增厚。甲板的增厚又加重了混浊，可以比正常甲板厚出2～3倍以右。
灰指甲是真菌性疾病，应在医生的指导下，到正规的医院治疗。灰指甲的危害是很多的，在平时我们应该对该病做好预防工作，努力创造一个良好的生活环境，让自己远离疾病，在饮食上要保证营养的充足，要选择舒适的鞋子，不要在不正规的地方做美甲。保持生活环境的卫生，注意室内空气的流通，定期消毒等。
除了适于外用药物治疗的甲真菌病以外，各型甲真菌病可选用系统药物治疗，主要口服抗真菌药物，光动力治疗，利用光敏剂结合一定波长的红光进行照射，产生氧自由基等杀伤病原微生物，从而达到治疗目的。离子导入是利用低电流让局部药物更好的渗透进入甲板和周围的组织提高治疗疗效，但这种方法难以穿透甲板全层。
