对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
肛周脓肿是一种很常见的病症，也多发育儿童，但肛周脓周是一种需要外科治疗的疾病，是不可能自行恢复的。
如果只是单纯的肛周炎性包块，只要及时进行抗炎处理，就有可能痊愈。如果是肛周脓肿，可能会出现自然破溃而形成肛痿，此时需要做第二次手术。
肛周脓肿的另一种治疗方法是直接切开引流，也可以一次性根治肛周脓肿，但不能自己痊愈。
肛周脓肿拉肚子可以用温开水坐浴，缓解不适感，然后在去医院遵医嘱进行药物治疗，现在要注意多喝水以免引起脱水，注意要少喝酒，不吃辛辣刺激食物，食不可过精，要粗细粮搭配，蔬菜等富含纤维的食物尽量多摄入，可使大便保持正常。
宝宝患有肛周脓肿，属于外科病，需要去儿外科治疗，如脓肿明显需要脓肿切开引流治疗，黄疸2月仍不退，属于病理性黄疸。去医院挂儿外科看肛周脓肿，因为有肛周脓肿的高危因素，可能会引起败血症，黄疸有可能是败血症引起，应采血常规、血培养及脓液的细菌培养，来指导抗生素的治疗。
婴儿期的肛周脓肿一般采用切开引流的方式，创伤不大，切开引流后，只要脓肿的引流通畅，脓液排除以后，绝大多数的患儿都可以治好。一般不会形成肛瘘，也有极其个别的婴儿会形成肛瘘。后期肛瘘治疗，婴儿的脓肿只需要切开引流，引流通畅即可。
无论是婴儿的肛周脓肿还是成人的肛周脓肿，都会在一定程度上破裂并形成肛瘘。一肛周脓肿早期仍选择手术治疗，因为肛周脓肿的脓肿腔扩大或病情加重，瘘管的形成会增加了手术难度，所以要尽早手术治疗。
