可以在妊娠16周内选用，但仅出于明确原因使用，如病原体引起的明显过早流产风险或严重损害。否则，药物可以在妊娠后期和中期使用，这容易导致儿童发育不良，并且这种药物容易导致儿童发育畸形。
常见副作用是恶心，呕吐，头晕等症状，也可以见到肢体抖动，麻木等不适，还有可能影响到肝肾功能，另外有些人因为个体差异，可以出现过敏反应。另外，这种药物有可能影响到胎儿，属于妊娠期不宜用的药物，药物可以通过血乳屏障，所以哺乳期也需要慎用。
奥硝唑的副作用，轻度不良反应有嗜睡、头痛、胃肠不适，个别患者可见中枢神经系统障碍，如头痛、眩晕、震颤、强直、癫痫发作、运动失调、疲劳、意识短暂消失和周围神经病，还可有味觉障碍、肝功能异常和皮肤反应。
奥硝唑是一天吃两次，在成人一次是吃500毫克。对儿童来讲，每12个小时，每公斤体重是十毫克。同时还可以治疗贾第虫病，阿米巴病和毛滴虫病，这一些和治疗厌氧菌感染的话是有一些差异性的。
一般情况下，奥硝唑可以治盆腔炎。因为奥硝唑在临床上主要治疗厌氧菌感染。那么盆腔炎症绝大部分是由于厌氧菌感染所导致的，所以奥硝唑可以治盆腔炎。但奥硝唑在临床上一般会引起胃肠道反应，所以建议患者在饭后口服，并且用药期间不可以吃酸辣刺激性的食物，同时禁烟禁酒，避免性生活，以免对身体产生刺激引起盆腔充血，加重下腹部疼痛的症状。
奥硝唑氯化钠注射液是一种用于抗厌氧菌感染的药物。在腹部感染，盆腔感染，口腔感染，脑部感染以及有败血症进行静脉注射。另外在胃肠手术后，如胃癌，结肠癌，阑尾炎的术后进行预防性抗炎治疗。对于奥硝唑过敏史，脑部脊髓病变，硬化症，造血功能低下，慢性酒精中毒的病人禁忌使用。本药常见的不良反应，有恶心呕吐，口腔有异味，头痛，眩晕等。
