肾囊肿和多囊肾是两种不同的疾病，一个是后天性的；另一个是先天性的。肾囊肿是一种后天性肾脏结构异常，在成人中非常常见，而且随着年龄的增长发病率会越来越高，大部分情况下对肾脏不会产生影响，只要定期随访即可。
肾囊肿是肾脏内出现大小不等的与外界不相通的囊性肿块的总称，常见的肾囊肿可分为成人型多囊肾，单纯性肾囊肿和获得性肾囊肿。一般囊肿是良性的，不会恶变，手术切除就可以，但是肿瘤是会恶性的。
区别就是所生长的部位不同，都是属于囊性的肿物，里面含有液体或是豆腐渣样的物质，如果这样的囊肿体积不大，对所寄生的脏器不产生任何队伍症状，是可以不用治疗的。如果是比较大的情况，就得需要选择手术的办法进行治疗了，当前治疗这样的病症多数是选择微创手术进行治疗。肾囊肿是常见的肾脏囊性病变，有多囊与单纯之分，多发性肾囊肿与遗传有关。多发性肾囊肿直径小者0.1厘米，大者积液可达数千毫升，囊肿多者可达百余个，常与肝囊肿同时发生。
肾脏的囊肿，以肾脏的肿瘤有着明显的区别，肾脏囊肿是一种良性的囊肿，采取保守治疗就可以，但是还主要是根据囊肿的大小及其变化来决定，如果说囊肿比较大，并且压迫了周围的一些个组织，那么就需要进行穿刺手术，而肾脏的肿瘤则是恶性的癌症，这一点可以向父亲说明，他是囊肿，没有什么问题，并不是恶性癌症。
多囊肾和肾囊肿有本质性的区别，多囊肾是一种先天性遗传性疾病，目前的发病机制不清楚，肾小管梗阻有关，与肾单位不同部位的局部扩张有关。肾囊肿是一种后天性的疾病，它的发病机制是一段扩张的肾小管逐步增大，形成囊肿，会有多囊肝，囊肿是相通的，在肾脏会布满各种各样的囊肿，导致肾功能衰竭。肾囊肿多数为单发，或者散在多发，不会导致肾功能衰竭。
肾囊肿靠药物是无法治疗的，无论是中药，还是西药都，单纯性肾囊肿多无其他症状，对肾功能以及周围组织影响不大，因此不需治疗，只要六个月到1年随诊。假如囊肿直径较大，超过5CM或产生周围组织压迫症状，引起尿路梗阻，则需行囊液抽吸术并囊内注射硬化剂。
