治疗主要是补充甲状腺激素，即左甲状腺素钠片，可以通过系统的治疗2-3年之后，可以考虑停药1个月，再来检测甲状腺功能，假如甲状腺功能正常，也可能是暂时性的先天性甲状腺功能减退，也可以停药可以定期监测。
甲状腺功能减退症简称是甲减，也就是甲状腺功能低下。它是由于甲状腺激素合成和分泌减少，或组织作用减弱导致的全身代谢减低的综合征。本病发病比较隐匿，病程比较长，不少的病人是缺乏特异症状和体征。它的症状主要表现是代谢率减低和交感神经兴奋性下降。
先天性甲状腺功能低下是儿童期常见的智力障碍性疾病之一。
先天性甲状腺功能低下又称先天性甲减，又称呆小症，一般早期无明显症状，症状出现后可能已为时过晚。一旦出现症状将严重影响儿童智力发育，导致身材矮小、智力低下。若能在2个月内发现，及时治疗，可长期保持甲状腺功能正常，智力基本恢复正常。如果10个月后被发现并治疗，智商只有正常的80%左右。超过2岁后被发现的话，智力发育会下降。
甲状腺功能减退最重要的药物是左甲状腺激素钠。
甲状腺功能减退是由甲状腺手术、甲状腺自身免疫炎症等多种原因导致甲状腺损伤。也有人认为碘-131治疗甲状腺功能低下可能会引起甲状腺功能低下。由于甲状腺合成、分泌不足，如此通过临床症状和相应的甲状腺功能检查，有助于甲减的诊断。诊断后，治疗主要使用左细胞因子钠。左细胞因子钠结构与甲状腺制品完全相同，且血药浓度非常稳定。医生结合甲状腺激素水平测定，有助于调节左甲状腺激素钠的剂量，安全有效，避免摄入不足。甲减患者需要长期服药，不能随意减少用药或停药。
先天性甲状腺功能减退症是由患儿先天性甲状腺缺陷或母亲孕期饮食中碘缺乏引起的。
主要表现为体格和智力障碍，孕期胎动可过少。出生体重较重，身高头围正常，但前后轮门大，胎粪排出迟缓，出生后腹胀、便秘、睡眠不足、运动不足，黄疸消退延迟、少食、喂养困难，四肢寒战体温低于35。患者之所以能出现脐疝、呼吸困难，主要是因为舌大而厚，呼吸道黏膜有粘液水肿，气道不通畅，鼻梁低而平，眼距宽，舌大，颜面水肿等特殊面部。治疗主要采用甲状腺激素替代治疗，由于先天性甲状腺功能减退，治疗越早预后越好，有望早期诊断。
一般来说，先天性甲状腺功能低下症的原因有孕妇孕期饮食缺碘、宝宝甲状腺发育不全、母亲服用了抗甲状腺的药物、母亲本身有自身免疫性疾病。具体分析如下：
1、先天性甲状腺功能低下症的原因有孕妇孕期饮食缺碘，进而可能会导致胎儿在胚胎期就因为碘缺乏。
2、先天性甲状腺功能低下症的原因有宝宝甲状腺发育不全，进而可能会导致胎儿在胚胎期就因为碘缺乏。
3、先天性甲状腺功能低下症的原因有母亲服用了抗甲状腺的药物；进而可能会导致胎儿在胚胎期就因为碘缺乏。
4、先天性甲状腺功能低下症的原因有母亲本身有自身免疫性疾病，影响了宝宝的甲状腺功能。进而可能会导致胎儿在胚胎期就因为碘缺乏。
