进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
男性检查hpv可以进行体格检查、醋酸白试验等检查。
男性感染了HPV后，阴茎体、龟头等部位可能会有小红疹，可以及时前往正规医院，由专业医生进行体格检查，判断有无明显的症状。另外，患者还可以配合医生进行醋酸白试验，如果局部皮肤黏膜出现白色的情况，则说明存在HPV感染。
精液检查的要求是在检查的4到7天内禁止性生活，精液检查一般是通过自慰或者按摩而射精，所以在检查之前需要把手及阴茎和会阴部位进行清洗干净，晨起采精要比其他时间好一些。精液检查可以作为夫妻双方的备孕检查，一些有不孕史的男性可以通过精液检查，来看精子的活力是否足够、精子是否有畸形的情况，看看是不是患有无精症等，针对不同情况可以先给予一定的治疗，另外对精囊炎、睾丸萎缩等疾病也有很好的判断。
早期肛瘘通过直肠肛门指检，可以摸到条索状的一个管道、大部分通过目测和直肠肛门指诊即可检查出来，少部分复杂或难以确诊的，做腔内超声或者是肛周超声或核磁共振进行确诊，通过直肠腔内超声，能够发现直肠肛围的脓肿、管道等。
胃镜检查时，医生右手持镜前段将胃镜放入舌根部，此时病人进行吞咽动作，将胃镜送入食道，而后继续向下送镜子观察胃及十二指肠情况。肠镜是利用一条装有微型摄影机的纤维软管进行检查，其由肛门进入肠道，顺势观察肠腔情况。
