巧克力囊肿一般的很少会导致不孕的，只要孕激素和卵巢的排卵功能正常就可以自然的怀孕的意见建议但是子宫内膜异位症容易对怀孕产生不好的影响，另外会导致痛经以及月经的量的异常。
目前没有效的药物可以好的，盆腔子宫内膜异位症，导致的巧克力囊肿。部分活血化瘀，软坚散结的中药或中成药制剂，可能会延缓，巧克力囊肿的生长速度，促进陈旧性出血的吸收，但是疗效并不确切，效果也并不理想。
如果患了单侧巧克力囊肿，可以选择在女性排卵期前后同房，可以增加怀孕的几率。患者应该去正规医院的妇产科检查，根据检查的结果对症治疗。平常应当注意休息，避免劳累过度，避免重体力劳动，可以多吃新鲜的蔬菜和应季的水果，忌食生冷辛辣刺激性的食物，少吃寒凉生冷的食物。保持轻松愉悦的心情，缓解压力，注意保证充分的休息和充足的睡眠。可以适当运动，提高身体的免疫力。
巧囊指的是卵巢巧克力囊肿，因囊肿内液体似巧克力样而得名。巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，是指子宫内膜异位到了卵巢上。来月经时，异位到卵巢的子宫内膜也会出血，这样囊肿就会慢慢变大。
麻醉成功之后，会在肚脐以及肚脐的两周，总共切4个小的刀口。然后将所有的器械都进入到盆腔观察情况，找到巧克力囊肿，将其提起。先进行穿刺，将囊肿里面的液体引流，再将囊肿里面血液冲刷，之后进行巧克力囊肿的剥离。剥离之后再进行缝合和止血。缝合结束之后需要进行盆腔的冲洗。再检查盆腔内没有异常出血，将器械撤出，手术就结束了。
