阴茎短小的原因，最为根本的是遗传基因的影响。包皮过长，缺乏生长的必要空间，阻碍阴茎的发育生长。内体寒、怕冷、体内阳气严重不足，致使阴茎不能完全凸出，有部分阴茎仍内缩于腹腔内。
阴茎短小要多吃牛肉和海鲜。牛肉是含有肌氨酸最多的食物，肌氨酸可以帮助男人增长肌肉，有效缓解身体疲劳，同时还可以增强男人的抵抗力。海鲜绝对是帮助男人大补的食物，因为海鲜中含有丰富的锌元素，一只小小的生蚝就可以满足男人身体一天所需的锌含量，提高男人的男性荷尔蒙。
阴茎短小是不会影响怀孕的，因为能否怀孕与男性的精子质量以及精子的数量有关，与阴茎是否短小并无关系，但是阴茎短小会影响性生活的质量。想要增强怀孕的几率可以采取以下几种方式：尽量导改善生活习惯，不要抽烟喝酒，规律的生活，不要熬夜，不要过于劳累；多吃一些补肾强精的食物；要坚持运动。
阴茎的发育主要是靠激素水平和阴茎海绵体自身发育来维持的。可以到专业的泌尿外科和男科检查激素水平或阴茎海绵体血流多普勒，这样才能通过数据选择，药物干预和物理治疗，达到一个正常的发育状态。手术治疗要在医生的指导下才能应用。
阴茎的大小跟遗传及体质等因素，如果阴茎勃起后长度超过8厘米，一般不会影响性生活及生育。但如果阴茎勃起长度不足8厘米，且难以进行性生活，建议到男科进行详细的检查，必要时可进行手术延长。
阴茎短小的原因有很多，不仅仅有先天性的原因也有后天性的原因，遗传因素是引起阴茎短小的常见原因，也和体格有一定的关系，一般体格健壮，身材高大的男性生殖器也会发育的大一些，另外在男性出现有隐睾症，内分泌失调，雄性激素分泌不足等的时候都可能会引起阴茎短小。
