早期肛瘘通过直肠肛门指检，可以摸到条索状的一个管道、大部分通过目测和直肠肛门指诊即可检查出来，少部分复杂或难以确诊的，做腔内超声或者是肛周超声或核磁共振进行确诊，通过直肠腔内超声，能够发现直肠肛围的脓肿、管道等。
早期脱肛与痔疮、肛乳头肥大症状相似，都是无痛性肿物脱出，极易造成不规范的小诊所及经验欠缺的医师误诊，因此，检查脱肛，先进的检查仪器必不可少。对于脱肛、痔疮等肛肠疾病的检查，还通过科学的专业仪器——德国GU-C四维超导造影检查系统。
DR检查目前在平片里应用比较广泛，即数字化摄片。在传统的X片基础上，在电脑中加入了数字化系统。如当射线穿过人体或物体后，被平板探测器采集，然后通过模数转换，再经过及时的工作站后处理，DR成像就会比传统的X线片图像的分辨率和清晰度更高。
Nt检查是b超检查。通常在怀孕的第11至13周加上6周之间。主要是通过检查胎儿颈部透明层的厚度来判断胎儿是否异常。你现在已经怀孕六个月了，并且通过了nt考试。四维彩色多普勒超声可在妊娠第六个月进行，也称为大排异常检查，可筛查胎儿结构异常。
肛瘘的检查方法可以做肛门指检，肛门指检为最常见、最直接的检查方法，可触及条索状物及硬结。还有就是美兰造影，将美兰从外口打进，如果美兰由肛门流出，可诊断肛瘘。影像学检查包括B超、磁共振、肛瘘造影。手术探查需在麻醉状态下进行。