胚胎停育的原因主要有四个方面。生殖内心泌方面，因为胚胎早期发育的时候，需要三个重要的激素水平，分别是雌激素，孕激素，绒毛膜促性腺激素，如果母体自身的内源性激素不够，就满足不了胚胎的需要，就会造成胚胎的停育；生殖免疫的问题，如果自身有某种抗体，就会抵制胚胎的发育等。
胚胎停止发育可能跟男性精子质量差有关系，常见原因有染色体异常、免疫功能不全、内分泌功能紊乱、子宫内环境异常、遗传性血栓形成倾向、全身感染性疾病等女性危险因素、精子成熟障碍等男性危险因素、环境不良等因素。
造成胚胎停育可能是精子和卵子不健康的原因，也可能是内分泌原因，如先天性黄体功能不良的病人在未受孕时，黄体周期短或分泌高峰不够，受孕以后尤其在早期，因为孕激素不够造成流产或胚胎停育。
胚胎停育是因为一些生活的恶习而引起的，不改掉这些恶习，就算治疗以后，还是会复发的。胚胎停育是因为一些生活的恶习而引起的，不改掉这些恶习，胎停育一般是发生在孕早期，受精卵的质量不好就会出现停止继续生长。
胎停育一般是因为染色体异常引起的，也可能是母体子宫有畸形或是因为夫妻之间年纪比较大怀孕的。在怀孕之前或者怀孕初期有接触化学物质，放射线，有毒的物质等。怀孕期间少吃辛辣油腻生冷刺激的食物，注意性生活卫生，注意个人卫生，勤换内裤，纯棉质地，开水烫洗，太阳暴晒。
主要有以下几个因素1.胎儿因素：胎儿存在染色体异常或脏器发育异常，导致胚胎停止发育；2.母体因素：各种因素导致体内环境处于异常状态，影响胎儿发育；3.父亲因素：染色体异常造成胚胎不能正常发育；4.环境因素：环境因素导致胚胎停止发育。如果做检查，就要四个方面做详细的检查，而且是夫妻双方的。还有外界环境，污染，辐射等因素。