肛隐窝、肛门瓣感染发炎。开始仅限于局部的炎症，这时若感染未能及时治疗，炎症即可向肛门周围蔓延。大便、排尿，腹压增高或肛门括约肌受炎症刺激，经常处于紧张和不随意的收缩状态，致使患部得不到休息，影响愈合。炎症从局部的肛隐窝和肛门瓣开始，逐渐蔓延扩散，形成肛门直肠周围炎。如果炎症不能得到控制，就可能侵入到抗病能力低的组织间隙之中。
肛瘘多数由直肠肛管周围脓肿引起，肛瘘是脓肿的后期，病人前期肛门处点疼痛没注意，脓肿破溃后，没有进一步治疗，感染就会像肛管的方向发展，形成肛瘘。肛瘘的病人一般用消炎药，外用药很难好，如果肛瘘要尽快到医院做择期手术治疗。
一共分为四类。第一，括约肌间肛瘘，大部分为低位肛瘘约占到70%，第二，经括约肌肛瘘，可以是低位或者是高位肛瘘，瘘管穿过肛门内外括约肌，位置比较高，内口也是在齿状线，外口经常不止一个。第三，括约肌上瘘，为高位肛瘘，比较少见，瘘管向上穿过肛提肌，达到肛管直肠环以上水平。第四，括约肌外肛瘘，瘘管穿过肛提肌，直接与直肠相通。这种肛瘘，大部分是由克罗恩病，肠癌或者外伤所致。
肛瘘的形成原因：1、肛隐窝、肛门瓣感染发炎。开始仅限于局部的炎症，这时若感染未能及时治疗，炎症即可向肛门周围蔓延。3、大便、排尿，腹压增高或肛门括约肌受炎症刺激，经常处于紧张和不随意的收缩状态，致使患部得不到休息，影响愈合。4、炎症从局部的肛隐窝和肛门瓣开始，逐渐蔓延扩散，形成肛门直肠周围炎。如果炎症不能得到控制，就可能侵入到抗病能力低的组织间隙之中。
这种情况可能是便秘引起的，也或者存在一些直肠的病变，比如直肠息肉、溃疡、肿瘤等，这些疾病引起直肠刺激征，并影响大便的排出，从而造成上述症状，但是如果是存在痔疮，也有可能会出现上诉症状，所以最好到医院进一步留取大便、查血常规等检查，也可以让医生做一个肛门指诊。
肛瘘多和肛周脓肿有关的，这种脓肿如果出现了破溃，在肠内和肛门外形成开口通道，就属于肛瘘了，有可能痔疮所致的改变的，需要到当地医院肛肠科检查，如果是痔疮，轻度的可以用药物治疗，严重的痔疮或者是肛瘘，要用手术的方式治疗的。
