多囊卵巢在治疗上，首先要调整生活方式，对肥胖型的多囊卵巢综合症病人应该控制饮食和增加运动，以降低体重和缩小腰围，这样就可以增加胰岛素的敏感性，从而恢复排卵和生育功能。另外，就是通过药物治疗。调整月经周期，可以口服避孕药，来降低血内的雄激素水平。
多囊卵巢综合症的病人如果是怀孕，没有先兆流产的症状情况下不用给予安胎治疗。因为多囊卵巢综合症的病人不怀孕主要是因为稀发排卵或者是不排卵才造成的不孕，所以既然能够怀孕，说明在药物的干预下有排卵，有排卵才会怀孕，怀孕以后体内的激素水平足以维持孕期的正常发展。
巧囊是巧克力囊肿，其实就是由于子宫内膜异位造成的卵巢囊肿。因为囊肿里面，都是一些陈旧性的血液，就和巧克力的颜色差不多，所以就叫巧克力囊肿。如果巧克力囊肿大于5厘米，也容易发生一些并发症，需要手术治疗。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症中最常见的一类，巧克力囊肿随着病程的延长，囊肿内积血的不断增加，囊肿体积也随之增大。需进行手术治疗，术后出现卵巢早衰会引起潮热，失眠，脾气暴躁等不适症状。
目前没有效的药物可以好的，盆腔子宫内膜异位症，导致的巧克力囊肿。部分活血化瘀，软坚散结的中药或中成药制剂，可能会延缓，巧克力囊肿的生长速度，促进陈旧性出血的吸收，但是疗效并不确切，效果也并不理想。
