巧克力囊肿手术费用大约5千元-7千元。巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，所以对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗。
首先肯定的是巧克力囊肿不会自己消失，如果通过检测，发现囊肿破裂，就需要警惕，会不会因为囊肿破裂而引起粘连，导致囊肿周围的健康组织遭受感染。如果发生，那么可采用手术治疗。保证身体安全，避免更大的感染，导致身体痛苦。
肿属于良性病变，对身体没有很大的影响，可以不做治疗或用中药调理。也没有什么特效药。有必要时可以考虑手术切除，巧克力囊肿主要是和内分泌变化有关，随着内分泌周期性变化，而出现改变，这方面的治疗可以通过口服药剂控制，一般口服药物不能完全恢复。
病史重点询问月经史、孕产史、家族史及手术史。特别注意疼痛或痛经的发生发展与月经和剖宫产、人流术、输卵管通液术等手术的关系。腹腔镜检查主要是在腹腔镜的辅助下对盆腔进行窥视，能够精确的找到子宫内膜异位的位置以及病因，并且对其进行精确的诊断。
巧克力囊肿是会导致不孕的。至少会造成排卵障碍。卵巢巧克力囊肿的形成是由于内膜在卵巢中仍然会出现“经血”症状，但由于在卵巢内无法排出，日积月累就造成了旧血的长期潴留，形成囊包。
临床表现是痛经，是子宫内膜异位最明显的症状，也是最容易被忽略的先兆，呈进行性的加重。另外一个症状是性交痛，这也是一个非常明显的信号，可能还会伴有点状的出血，卵巢的巧克力囊肿症状并不是十分的明显。
