新生儿在出生后要打的是卡介苗和乙型肝炎，在生后三日就要进行皮下注射。
如有皮肤的病变、发烧等早产儿，可以暂时停止使用卡介苗，因为有可能存在先天免疫障碍的婴儿不能打卡介苗，以免引起身体的全面感染。在出生24小时以内注射乙型肝炎，第二、三次注射分别为1-6个月。如果母亲是乙肝病毒携带者，那么孩子出生后6个小时内要注射100个单位的高质量的乙肝免疫球蛋白，还要打乙肝疫苗。
新生儿出生24小时内接种乙肝疫苗，常规的乙肝疫苗注射是016方案。
新生儿在出生24小时之内，要及时的接种第1针乙肝疫苗。如果出生24小时之后这种乙肝疫苗会影响到疫苗的预防效果。一个月和六个月的时候分别再注射后面的两针。若母亲是乙肝感染者，出生婴幼儿是低产儿、低体重儿在出生后更要加强一针，需分别在0、1、2、6个月注射乙肝疫苗。
为了有效的预防乙肝病毒的传染，乙肝疫苗的免疫接种纳入基础的接种范围以内，孩子出生以后，按照0-1-6月份的时间进行正规的疫苗接种。新生儿的母亲是乙肝病毒感染者，尤其是大三阳的患者，孩子出生以后，除了正规进行疫苗的接种，还需要使用乙肝高效价免疫球蛋白，一般在出生后24小时内尽早使用，然后在半个月以及一个月的时候，分别再次使用，可以有效的预防乙肝病毒的垂直传染的发生。
卡介苗和乙肝疫苗可以一起打。
卡介苗是由减毒牛型结核杆菌悬浮液制成的活菌苗。卡介苗可与乙肝疫苗同时接种，不影响彼此效果，并能改善乙肝表面抗原阳性，但应分别向左，右两侧臂进行接种。接种24小时之内切忌沐浴，注意观察皮肤的表面状况及接种后的进食和排便情况、睡着了等，如果不舒服，要与接种机构取得联系，及时咨询医生。
新生儿接种乙肝疫苗的时间为出生后24小时内接种第一次，然后分别在1月龄、6月龄的时候再次接种，共3次。乙肝疫苗接种同样有一定的禁忌证，如携带乙肝病毒、对疫苗的成分过敏、患有神经系统疾病、重度营养不良、先天性免疫功能缺陷、正在使用免疫抑制剂等人群禁止接种乙肝疫苗。
新生婴儿在出生之后，就要立即的接种乙肝疫苗，同时也要注射乙肝免疫球蛋白，接种第二针，六个月左右，需要接种第三针。在接种疫苗的期间，不要出现感冒、发烧的症状，很容易影响接种的药效。
