畸胎瘤会严重一点，但卵巢畸胎瘤和卵巢巧克力囊肿也都属于卵巢囊肿的一种类型，卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，还是比较麻烦的，复发的可能性比较大，卵巢畸胎瘤只要切除，一般复发的可能性比较小。
对身体有很大危害，畸胎瘤一旦确诊，必须争取早期手术切除，以避免良性畸胎瘤因耽搁手术而导致肿瘤恶变，同时可预防肿瘤感染、破裂、出血及并发症的发生，巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢造成的，大都有痛经的，巧克力囊肿和畸胎瘤的区别在于病情性质不同，但复发几率巧克力囊肿比较高，怀孕了对巧克力囊肿有治疗作用，畸胎瘤则有良性，未成熟及恶性之分，大多需要手术治疗。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症，这种囊肿影响怀孕，并且可以出现经期腹痛，会逐渐加重。如果是大的巧克力囊肿或者影响怀孕，可以做手术治疗。如果是小的巧克力囊肿，没有明显的痛经，也可以用药物治疗。
可以配合中药来进行内分泌的调理，达到活血化瘀的效果，定期复查超声检查看看巧囊的大小，如果不长就可以观察看看，长的快就可以手术切除治疗。平时要注意保持清淡饮食为主，忌食辛辣刺激性食物和过于油腻的食物，注意戒烟戒酒。
囊肿体积比较大，并且边界不清楚，那么就应当剖腹探查取出囊肿，送病理检查明确囊肿性质以后，再决定下一步是否后续治疗。目前没有很好的药物能减少囊肿的发生。如果囊肿不是囊性的，而是实性或囊实性，尽早做手术。因为实性或囊实性的肿物，考虑肿瘤的可能性最大。
卵巢巧克力囊肿，直径达到或超过3厘米者，应接受手术，清除“炸弹”爆炸的危险。此时手术多采取巧克力囊肿剥除术，从而最大限度地保留了正常的卵巢组织，传统剖腹手术或腹腔镜手术都能达到治疗目的。术后还需要服用药物巩固疗效。
