通常来说，脑干血栓不能恢复好。
脑干是人体的生命中枢，支配着人体的呼吸，心脏，消化等生理功能，而脑干血栓是比较危重的急性病,脑血栓形成损害了脑干,引起了颅神经的变化,引起中枢循环、呼吸的变化,引起了椎体束变化,也就是影响了肢体的运动功能及感觉障碍，还可能会造成严重的肢体功能障碍，而且通常不能恢复好。
一般情况下，低脂肪、低胆固醇的食物有助于预防血栓，具体内容如下：
吸烟、熬夜、高脂、高盐饮食等因素都可能会导致血栓的发生。高盐高脂的膳食是造成高血压、高血脂和糖尿病的主要因素，也是造成血液凝块的主要因素。因此，患者可以多食用低脂肪、低胆固醇的食物，来预防血液粘稠，避免出现血栓。患者可以适当地多吃洋葱、木耳、香菇等食物。如有必要，患者可以遵医嘱服用阿司匹林肠溶片、瑞舒伐他汀片等药物进行治疗，以预防血栓出现。
通常平时可以吃清淡、细软、含丰富膳食纤维的食物，可以采用蒸、煮、炖、熬、清炒、氽、熘、温拌等烹调方法，通常不适宜煎、炸、爆炒、油淋、烤等方法。脑血栓饮食尽量少食用高钠，高脂肪食物，而且通常在情绪上也要注意。多喝水。
脑干的血栓多数比较重，轻者可以出现吞咽功能困难，饮水呛咳等。重者可以出现闭锁综合征表现为意识障碍、四肢活动不能、大小便失禁、失语等，生存质量差，至于能活多久和病人并发症有关，如长期卧床很容易出现并发症，比如坠积性肺炎，下肢静脉血栓，压疮等。这些并发症会影响病人的寿命。所以及时处理预防并处理并发症，可以延长病人的寿命。
治疗的方法有，发病后4.5小时之内到达医院，确定诊断后可以应用静脉溶栓治疗，给予尿激酶100单位至150单位，静脉溶栓治疗。如果超过4.5小时，在6小时之内可以启动动脉溶栓进行治疗。经股动脉穿刺，将动脉导管放置在脑干血管堵塞处，给予尿激酶溶栓治疗是积极的治疗方法，在溶栓治疗后24小时或者不适合溶栓的病人，应该启动抗血小板治疗。
