子宫囊肿确切地说应该是卵巢囊肿，卵巢囊肿治疗方案首先要完善相关检查，明确良性恶性，针对囊肿大小性质，确定保守治疗还是手术治疗。如果囊肿不是特别大，基本可以确定是良性的，可以暂时保守治疗，可以用活血化瘀的药物。
卵巢囊肿大于五厘米就容易发生扭转，破裂或者感染。所以如果大于五厘米，这个情况即使手术治疗。如果是比较小的卵巢囊肿，可以先观察，也可以调理，定期做B超复查。如果月经干净以后复查卵巢囊肿消失了，可能就是生理性的黄体囊肿，就不用治疗了。
子宫囊肿的治疗一般分为西医疗法和中医疗法，具体的疗法要根据病情做出决定，子宫囊肿并不是妇产科学所涉及的专业术语，通常所说的子宫囊肿多是指宫颈囊肿，是慢性宫颈炎的一种，是常见的一种妇科疾病。检查出有子宫肌瘤多发性的，良性的肿瘤，一般不会癌变，没有影响月经，没有导致出血量大的现象，子宫肌瘤小的时候无需治疗，如果没有生育要求了可行侧输卵管卵巢切除术、双侧卵巢囊肿切除术、附件及全子宫切除等治疗子宫囊肿，诊断出卵巢内有混合性包块，先保守治疗一到两个疗程，再次复查B超，如有缩小可不手术，若无改变长大就必须手术。
子宫囊肿采用德国LEEP刀微创技术属世界专利技术，在欧美各个国家已有广泛运用，开辟了无伤害脱落炎症组织、凝结软组织的治疗全新局面，通过精确到微米级的电极丝来代替手术刀进行高质精细的微创性修复治疗，并发症极少。可以达到非常精细的手术效果，一般的子宫疾病3至10分钟即可治疗完毕。
卵巢囊肿应肿根据大小、位置、性质不同，治疗方法不同。包块大于4-5cm，无法排除恶变的情况下，明确性质，同时进行治疗，如为恶性病变还需进一步扩大手术范围。包块在2-3cm、生理性囊肿、生长缓慢者，定期观察即可。
