医学认为感染是疾病的主要原因。肛周脓肿可由肛裂、痔疮、肛窦炎、肛周皮肤滤泡性汗腺炎、肛周皮肤病等感染引起。某些疾病，如溃疡性结肠炎、再生障碍性贫血、全身营养不良，使身体虚弱，降低抵抗力，并诱发肛周脓肿。一般也会见到因为肛门直肠手术引起的感染，从而形成直肠周围脓肿。尿道术后感染、尾骶骨骨髓炎术后感染、产后会阴破裂缝合后感染等手术都可能引起脓肿。
肛门周围皮下脓肿最常见，多由肛腺感染经外括约肌皮下部向外或直接向外扩散而成，常位于肛门周围皮下部，一般不大，主要症状是肛周持续性剧痛，受压或咳嗽时加重，行走不便，坐卧不安，全身感染症状不显，局部检查：肛旁皮肤有明显红肿，局部皮肤温度高于周围正常皮肤，伴硬结和触痛，可有波动感。
肛周脓肿复发的原因有以下几点：肛周脓肿手术后，未能及时处理继发形成的肛瘘，肛瘘外口堵塞后容易造成肛周脓肿复发。虽然肛瘘已经通过二次手术，但因为复杂性肛瘘存在着没有处理的内口，也容易引起肛周脓肿的复发。本身的抵抗力比较低，比如存在着肝硬化，糖尿病，免疫抑制等合并症。
肛周脓肿手术后复发，肛管直肠四周脓肿不能自行痊愈，如任其发展，终极脓肿将向肛周皮肤或肛管直肠腔内破溃形成肛瘘，假如脓液得到引流，症状可暂时缓解，如此反复发作，经久不愈。复发可以考虑再次手术，在术后要留意康复护理和积极预防。
小儿骶骨弯曲尚未形成，直肠与肛管呈垂直状态，粪便直接压迫肛管齿状线肛窦处，易造成肛窦损伤感染发炎，小儿肛门周围尿布皮炎，致使毛囊、汗腺、皮脂腺感染，导致皮下脓肿。加之婴儿免疫机能低、抵抗力差，皮脂腺相对分泌旺盛，也易导致肛周皮下感染，形成脓肿。
造成盆腔脓肿的病因有：输卵管积脓是由于急性输卵管炎发展而成，当输卵管的伞端及峡部因炎症粘连而封闭后，管腔内的脓液越积越多，可以形成较大腊肠状的块物；急性盆腔结缔组织炎，如果未得到及时的治疗，也可形成脓肿，可只限于子宫的一侧，且脓液可流入阴道直肠膈中形成肿块儿。
