治疗包括加强支持和对症治疗，控制感染，维持营养和水电解质平衡。对有延髓性麻痹、吞咽困难和呼吸衰竭者，应采用鼻饲，气管切开，人工辅助呼吸等。有颅内压增高者，应给予脱水剂，并加用皮质类固醇药物，以改善神经症状。
脑干出现肿瘤也分为良性肿瘤和恶性肿瘤，如果是良性肿瘤的情况下，可以通过手术切除的方式来进行治疗，在做开颅手术之后一定要注意休息，千万不能进行任何剧烈的运动，因为剧烈的运动会影响到治疗的效果，而且再做完手术之后也要定期的去医院进行复查，这样才能防止肿瘤复发。
脑干脑炎治疗的方法主要包括激素治疗,激素治疗是脑干脑炎的最主要的治疗方法,一般来说患者出现了脑干脑炎,会造成脑干相应的核团的损伤和外周神经的损伤,比如可能造成患者的眼肌的麻痹,考虑是为动眼神经或者是滑车神经、外展神经出现了病变引发,也有可能引发了吞咽功能障碍,饮水呛咳等。
患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。平时少吃辛辣刺激的食物，忌烟酒，保持充足的睡眠，少熬夜。
脑干的肿瘤一般是比较危险的，如果继续增大压迫脑干的话，会产生意识障碍，共济失调，反射亢进等并发症。一般症状不严重的话，可以先行进行脱水降低颅内压治疗。如果很严重，还是要考虑手术治疗的好，而这种病情手术是会有一定风险性的，最好是能到三甲级医院进行手术治疗会更好些的。
目前胶质瘤的治疗方法主要有两种，手术治疗或者诺力刀放疗，与传统的开颅手术相比，放射治疗的优点更多一些，放疗无痛无创，损伤小，恢复速度快，费用低，而且肿瘤长在脑干上。脑干是人体的主要中枢神经系统，这个部位是手术的禁区，一旦采用手术治疗，后果是不敢想象的。
脑干是大脑最重要的生命中枢，一旦脑干部位出现了病变的情况下，一般治疗效果都不会很理想，脑干梗死的情况下主要是应用活血化瘀的药物，抗凝的药物，抗血小板聚集的药物来对症治疗。
