治疗的方法有原则治疗的方法腭裂的治疗是一个复杂的过程，需要口腔颌面外科、整形外科，口腔正畸科，语音训练科，精神及心理科等多方面的专家共同协作才能取得满意的效果。还有手术方式治疗的方法，选用既可有效恢复腭裂患者语音，又对上颌骨生长影响作用轻的手术方法。
可用以下方法进行治疗。对症治疗：唇裂修复和腭裂修复的时间不同。唇裂通常可以在宝宝两三个月时通过手术进行修补。手术治疗：对5至10岁的腭裂患者，实施在腭裂整复的同期行华西咽后壁增高术，以助腭咽闭合率的提高。
可用以下方法进行治疗。手术治疗：利用咽后壁组织瓣增加软腭长度，利用咽侧组织瓣缩小咽腔宽度，以改善腭咽闭合。对症治疗：对腭隐裂的患儿可严密监护，只有当出现喂养、听力或语音问题时才考虑进行腭裂的修复。
治疗唇腭裂要进行手术治疗，唇腭的整形手术可能要分多次完成，寄希望于一次手术即可成功是不现实的。唇腭裂要初步诊断病患程度如何，尽快治疗、按照序列治疗的程序进行治疗。在唇腭裂手术时间方面,尽可能做到在2岁前完成腭裂修复术.对于裂隙较窄,手术后可不暴露或少暴露硬腭裸露骨面的患者,以一岁内完成唇腭裂整复手术为好.而对于裂隙严重,术后有可能遗留较大面积裸露骨面时,则可将手术时间适当延迟。
可采用以下方法进行治疗。腭裂整复手术治疗：利用裂隙邻近的组织瓣封闭裂隙，延长软腭，将错位的组织结构复位，以恢复软腭的生理功能。对症治疗：唇裂修复和腭裂修复的时间不同。唇裂通常可以在宝宝两三个月时通过手术进行修补。
唇腭裂要初步诊断病患程度如何，然后通过手术而获得良好的预后，但前提是必须按照序列治疗的程序进行治疗，有针对性的治疗。需要根据自身条件，手术需要考虑植皮，需要长时间治疗，还要考虑骨骼发育完善，综合分析，在治疗。
