如果过多饮用咖啡，会导致头晕，头痛，恶心，呕吐等副作用。还有导致机体出现明显的兴奋作用，影响到入睡，诱发失眠和睡眠障碍。严重的则可以出现谵妄，烦躁等精神系统症状，甚至有会导致昏迷。
喝咖啡具有抗氧化及护心，强筋骨，利腰膝，开胃促食，消脂消积的作用，能起到保肝护肝的作用。咖啡含有一定的营养成分，对皮肤有益处，可以促进代谢机能，活络消化器官，对便秘有很大功效，可以消除疲劳，能促进肝脏新陈代谢。喝咖啡能刺激胆囊收缩，并减少胆汁内容易形成胆结石的胆固醇，可预防胆结石，防止放射线伤害，降低肝脏的胆固醇堆积。
喝咖啡头痛是由于咖啡中主要的成分为咖啡因。咖啡具有一定的兴奋作用，兴奋状态下，可以使体内五羟色胺分泌增加，可引起头痛。同时咖啡因有一定的扩血管作用，血管扩张可引起偏头痛。严重的不要喝咖啡。
在服药期间，最好不要饮用咖啡，可以用白水送服药物，不会影响药效。服用药物期间，身体较为脆弱，从而影响肠道健康。咖啡、浓茶、酒精等都属于刺激性较大的饮品，饮用后会对肠胃造成损伤，不利于身体恢复。服药期间，多注意饮食清淡易消化，多以温热食物为主，多吃水果蔬菜，每天坚持适量运动，增强体质，多喝热水，有利于恢复病情。
经常用咖啡，浓茶，甚至抽烟来提神。这些不良习惯会影响肠道对维生素D和钙的吸收。喝得越多就越有可能患上骨质疏松症。咖啡中含有咖啡因，有些咖啡还会加糖，这有一定的利尿作用。但是在国外，有研究表明，每天需要喝10杯以上的黑咖啡，才会导致体内的钙流失。
