巴氏腺囊肿是由于前庭大腺腺管开口阻塞，导致分泌物积聚于腺腔而形成。巴氏腺囊肿小，又没有感染的时候，病人是没有任何自觉症状，通常可以不用进行特殊的处理治疗。而当囊肿增大，病人会出现外阴部的坠胀，以及同房不适等表现，这时候就可以考虑做前庭大腺囊肿的造口手术来进行治疗。
在巴氏腺囊肿初期，可以服用一些抗感染的药物，比如头孢克肟分散片、头孢克肟咀嚼片等，可以配合甲硝唑进行抗感染。还可以配合局部坐浴，或者是服用一些清热解毒的中药来治疗。巴氏腺囊肿在服用药物的过程中，要注意观察，如果没有明显的改善，导致局部肿胀、疼痛、行走困难，甚至出现了不稳定的症状，这种情况下不能再服用药物。必须通过外科手术切开引流，否则会导致持续的疼痛，从而影响到工作和学习。
孕妇患巴氏腺囊肿，是巴氏腺管阻塞还有局部感染造成的。要先去妇科做详细检查，如果病情轻微，就不需要治疗，如果病情严重，可以选择开放引流治疗。有些病人好后会复发，有的则不会。保持良好的心态有助于病情的恢复。
外阴囊肿与巴氏腺囊肿的区别主要就是，一个化脓，而巴氏腺囊肿没有化脓肿它主要是引炎症引起的腺体堵塞。建议到正规医院的妇产科检查，可以进行，口服消炎药物以及坐浴等，治疗。少吃刺激性的食物，多休息。
一般情况下，所谓的巴氏腺囊肿，是由于细菌、病毒等特殊病原体感染了外阴，引起了炎症，从而造成了腺管的开口处阻塞，从而造成了腺体的分泌物无法排泄而形成的囊肿。其主要表现为外阴后下1/3部位肿胀，局部肿胀，不能正常走路，会严重影响工作和生活。局部麻醉、前庭大腺囊肿造口术后3-5日即可出院，通常术后1-2周后即可痊愈。