肛瘘应该首选手术才能切除瘘管治好的，及时治疗，养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。饮食上多吃含蛋白质类食品，如瘦肉，牛肉，蘑菇等。
10天-15天可以治愈，冷冻治疗，适用于低位单纯性肛瘘的治疗，是利用液氮使瘘道发生凝固性坏死。继而脱落，形成新的创面而自愈。电疗仪治疗，运用现代肛瘘电疗仪的高温物理技术治疗，利用电弧放电产生高温，对局部组织进行烧灼，以切开肛瘘达到治疗目的。
治好肛瘘的基本标准就是肛门能正常排便，伤口基本愈合。在伤口愈合期需要注意保持大便通畅，尽量吃流质和软食。对于伤口严重愈合期时间会长一点，建议平日活动量减少，偶尔步行活动，增加肠蠕动即可。术后病人要注意随时监测体温，术后要保持肛门的清洁避免感染，遵医嘱给予一些肛门栓剂，或者每日药物清洗肛门。在术后第一次排便期，会感觉疼痛难耐，属正常现象，若是便秘可以用一些肛门润滑剂。
肛瘘需药到医院进行手术治疗，平时一定要注意多喝水，饮食清淡，多食新鲜的蔬果，保持大便通畅，防止便秘。保守疗法有口服中药、外洗、外熏等，可以起到控制感染、促进炎症消退的作用。
肛瘘的治疗主要是进行手术，可根据肛瘘具体情况选择挂线疗法、瘘管切开术、肛瘘切除术，具体情况可咨询手术医生，术后定期换药，去除脓性分泌物，如有必要可应用抗生素药物治疗，忌酒辛辣食物，祝早日康复。
