肝内胆管结石体积相对较大且超过2-3厘米，要尽快的做手术。如果体积小于一厘米，可以先做一些简单的处理，可以服用一些能促进胆囊功能、排石和保肝的药物进行治疗，并且要定期复查。肝内胆管结石是难以通过微创手术治疗的。内窥镜和导丝不允许进入更深的石头位置。要继续口服药物，并每三个月进行一次审查。如果结石增加明显，应该考虑手术治疗。平时注意休息，饮食清淡，避免刺激性饮食，注意卫生，避免感染的出现，同时避免过度的劳累。
可以采取手术治疗。手术风险不大，请到当地大型公立三级肝胆外科医院，并按照医生的建议进行对症治疗。如果结石的大小相对较小并且没有明显的临床症状，应首先采取保守治疗并定期复查。根据待检结石的大小和大小，结合临床症状，如果结石的大小相对较大且有明显的临床症状，一般不建议保守治疗，以免加重病情。
肝内胆管结石伴有胆管炎症的，饮食上需要更加注意。对于辛辣刺激食物也不能吃太多，如辣椒，大蒜，生姜，韭菜，芥末，尖椒等。这些食物可导致刺激胃粘膜，引起消化不良以及十二指肠乳头水肿，导致胆汁反流以及引流不畅，最终会引起胆管结石炎症反复发作。
肝内胆管结石不会自愈。如果患者有手术指征及早进行手术治疗。采取的手术方式是高位胆管切开取石术。如果患者肝内胆管结石造成某一叶的肝脏萎缩，可以行肝部分切除或者肝段切除。
肝内胆管结石能活20年-30年。肝内胆管结石不影响寿命，它是一种良性的病变，并不是癌症，也不是恶性的肿瘤。要保持良好的心态，生活要有规律，作息的规律，避免劳累以及精神的高度紧张。可以采用积极的治疗来去除肝内胆管的结石。
