内分泌紊乱是导致巧克力囊肿的最常见原因，主要高发于内分泌旺盛的生育年龄，尤其是如果长期处于紧张压力或者不安等情绪影响下，都非常容易因为内分泌失调而诱发疾病。还有因为多次分娩或者流产，容易导致子宫内膜粘连，进而引起子宫内膜碎片排出不畅的问题，因此这些废旧垃圾，就容易堆积在宫腔内，而不能经由阴道排出，长期这样，就有可能触发巧克力囊肿。
子宫内膜异位症是一种常见的妇科疾病，对身体健康又严重的影响，而且还有可能导致女性的不孕，因此及时的发现和治疗子宫内膜异位症是非常重要的。目前，对子宫内膜异位症的检查通常采用以下三种方法：B超检查、X线检查和腹腔镜检查。
跟肥胖，压力大，休息不好，内分泌紊乱等方面有关，有性激素水平异常，排卵障碍，月经紊乱等症状表现。女性月经期一定要杜绝性生活。要注意自身保暖，避免感寒着凉。月经期间，禁止一切激烈体育运动及重体力劳动。随时调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常。要去正规医院进行治疗，不要耽误治疗时期。
子宫内膜18mm有巧克力囊肿对于小的巧克力囊肿，又有生育要求的女性，这时可以不用进行特殊处理治疗，而是尽快备孕怀孕。因为怀孕也是治疗巧克力囊肿的一种手段，怀孕以后巧克力囊肿就会自然萎缩。如果巧克力囊肿大于五公分以上，这时通常会影响生育，所以可以手术治疗。
卵巢子宫内膜移位囊肿，可以结合临床症状对症治疗，可以在医生指导下配合活血化瘀药物治疗，可以去医院中医科进行辩证治疗。平时要注意个人卫生，养成良好的生活习惯，饮食行为很不要吃油腻食物和油炸食物，控制体重在正常范围，不要吃非季节性蔬菜水果，不要吃含有激素的食物。
具有生长功能的子宫内膜组织，包括腺体及间质出现在卵巢上，就称之为卵巢巧克力囊肿，通常是由于子宫过度后屈，子宫颈管狭窄，以及月经期间同房而导致经血逆流形成，会引起进行性的痛经以及不孕。西医治疗巧克力囊肿，通常采取手术进行直接切除，而中医则根据患者的具体来进行辨证论治，可以使用血府逐瘀汤和少腹逐瘀汤，以及四妙散来进行加减调理治疗。
