疱疹性咽炎主要是有疱疹病毒感染而引起的，有效的治疗方法为抗病毒治疗，如果发烧不超过39度，可以使用物理降温，用毛巾包裹冰袋放于腋下或腹股沟处，如果发烧超过39度，可以使用药物治疗。
通常情况下，宝宝得了疱疹性咽炎可以吃清热解毒的药物，比如口炎清颗粒、蒲地蓝口服液等。而对于合并有周围口腔、咽喉部黏膜急性感染的宝宝，一般可酌情联合使用抗生素抗感染，常用青霉素类、抗菌素、头孢菌素类的抗菌素。但如果宝宝呈现反复出现的高热症状，还可以使用一些退热的药物，比如布洛芬混悬剂。
宝宝如果长时间吞咽困难，出现脱水、体力不佳的情况，还可酌情考虑，输液行补液及支持治疗。
小儿疱疹性咽炎一般指小儿疱疹性咽峡炎，通常来说，小儿疱疹性咽峡炎治疗一周左右能好。
小儿疱疹性咽峡炎是一种特殊类型的上呼吸道感染，病原体为柯萨奇A组病毒，常继发于急性鼻炎、肺炎、流行性感冒、疟疾、流行性脑膜炎，亦可单独发生，感染性较强，但不是传染病，好发于夏秋季，起病急骤，临床表现为高热、咽痛、流涎、厌食、呕吐等，而这种疾病一般可以使用利巴韦林颗粒、蓝芩口服液等药物进行治疗，通常一周左右能好。
疱疹性咽峡炎主要症状是咽喉疼痛和咳嗽及咽喉部位有白色苔状物及发热等症状。主要与病毒感染有关系。孩子和成人症状相似，治疗主要是抗病毒和抗生素联合治疗及对症治疗处理，多喝水，一般需要一周左右恢复，饮食清淡低脂低盐，注意休息好。
会出现传染的情况。疱疹性咽炎是小儿感冒的一种特殊表现，由一种称为"柯萨基病毒A组"的病毒引起。夏秋季节多见，常在托儿所、幼儿园有小流行，婴幼儿多一些。应该用一些抗病毒的药物。可以静脉点滴病毒唑之类的药，对病毒有效。病轻者可口服利巴韦林等抗病毒药物，注意保持清淡，要多喝水，少吃多餐。多吃有营养且易消化的流质或半流质。
可以口服消炎类药物以及抗病毒药物，同时要给孩子多喝水，饮食要清淡，不要吃零食及刺激类食物，鱼肉类都暂时不要吃。疱疹性咽炎是一种急性传染性咽炎，严重者可能会引起气管炎、肺炎、喉炎等。
