各种外伤、蚊虫咬伤、丘疹或表皮外伤。性交过度。生殖器皮肤感染。前列腺炎常引起阴茎疼痛，可能因为阴茎受到感染或受刺激导致。尿道炎和淋病主要通过性行为传染产生疼痛症状。
阴茎痛属于一种良性病症，但为了预防该病症加重，要注意局部清洁卫生，保持干燥环境是十分重要的。治疗时可选用激光疗法、冷冻疗法或外涂腐蚀性药物去除，但要注意避免损伤过度引起疤痕而造成病人的痛苦。
阴茎痛要针对引起阴茎疼痛的原发疾病进行治疗。如果由于阴茎感染引起疼痛，可以用抗生素进行治疗。如果因为受到刺激导致阴茎疼痛，只要充分休息就可使症状缓解。阴茎疼痛主要指阴茎表面或内部疼痛，有些男性在第一次性交后会感到阴茎疼痛，可能是阴茎在勃起后大量充血，血液回流不充分，造成性交后阴茎短时间胀痛。
如果是阴茎表皮痒，考虑可能是细菌感染引起的局部阴茎表皮毛囊炎，涂抹抗感染的药膏，对症治疗，能够有效的缓解症状的。如果是阴茎内部痒，可能是尿道炎的表现，通过尿常规的检查可以明确诊断。
可能是泌尿系结石，该病一般表现为腰疼，腹痛等症状，疼痛会牵涉到腹股沟以及会阴部，严重者会出现血尿。做尿常规以及泌尿系彩超等检查，结石小的话可以服用排石药物，结石大的话可以采取碎石，平时多饮水，多运动。
