肾囊肿通常海绵肾无需进行治疗，多囊肾会演变为尿毒症，无较好的治疗方法。如果出现多发囊肿或普通囊肿，在排除肾癌的前提下，如果囊肿超过5cm，可以进行手术治疗，比如使用腹腔镜进行治疗，不会复发，预后较好，如果囊肿小于5cm，做手术可能会导致出血，不进行手术治疗。
肾囊肿的中医治疗方法有采用药物的方法治疗肾囊肿，还经常运用针刺的方法。采用具有清热解毒，活血效果的药物，每次3～4穴，依据证之虚实而采用补泻手法，留针20～30分钟，或用灸法，2组穴位交替进行。
双肾囊肿采用什么样的治疗方法，是取决于囊肿的大小，当囊肿小于五厘米的时候，是不需要治疗的，定期复查就可以，对于5到8厘米的，可以治疗也可以不治疗，这得看患者的情况，但低于八厘米以上的囊肿，建议手术治疗。
囊肿的治疗方法主要有肾囊肿穿刺硬化术:主要是对于内生性肾囊肿，外凸不明显的，另外对于全身情况较差无法耐受手术治疗的。囊肿穿刺硬化术多在超声或CT引导下进行，穿刺针进入囊腔后抽出淡黄色囊液。
可以做手术进行治疗，肾囊肿是泌尿外科比较常见的疾病之一，其发病原因不十分明确，多为单发，绝大多数属于肾的良性肿瘤。有个别的囊肿内分隔或边缘钙化不除外囊性癌变。
在B超的引导之下穿刺引流，把囊肿的液体吸出来，然后往里面打一种无水酒精，叫做硬化这种方法。用腹腔镜在腰上打上2-3个眼，把这个手术完成，病人基本上没有太大的痛苦，手术恢复也非常快。
