患有肛瘘，药物治疗的效果不是很好，尽量还是手术治疗，可以选择三级以上医院进行手术治疗，术后护理很快就会恢复，通常多喝水，多吃蔬菜水果。少吃辛辣食物，尽量保持大便通畅，防止便秘，不抽烟不喝酒，不熬夜，工作和休息规则。
肛瘘术后应注意休息，忌食辛辣厚味食物，以营养丰富易于消化食物为宜，如牛奶，鸡蛋，青菜，水果等。多吃含优质蛋白质、维生素C、E，蛋白质是人体除骨骼外的构成成分，VC+蛋白质是形成血红蛋白皮肤的主要成分，VE可以帮助伤口更好的愈合不易留下太大的伤痕。
肛瘘常有肛周脓肿自行溃破或切开排脓的病史，此后伤口经久不愈，成为肛瘘外口，主要症状是反复自外口流出少量脓液，污染内裤，有时脓液刺激肛周皮肤，有瘙痒感，若外口暂时封闭，脓液积存，局部呈红肿，则有胀痛，封闭的外口可再穿破，或在附近穿破形成另一新外口，如此反复发作，可形成多个外口，相互沟通，如瘘管引流通畅，则局部无疼痛，仅有轻微发胀不适。
肛瘘术后可以抽烟，但是尽量少抽。术后需要每天肛门中药坐浴，然后摸药膏，每天肛门消毒换药，大便后也需要清洗肛门。注意饮食，不能喝酒，不能吃辣椒，多吃水果和蔬菜，清淡饮食，保持大便通畅。便秘、腹泻会引起伤口水肿。一般术后一个月左右伤口可以完全愈合。
根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。手术治疗，原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。电疗仪治疗，运用现代肛瘘电疗仪的高温物理技术治疗，利用电弧放电产生高温，对局部组织进行烧灼，以切开肛瘘达到治疗目的。
