手术方法取决于病因的性质，例如先天性肾盂输尿管连接部狭窄可作肾盂成型术，肾、输尿管结石可行碎石或取石术，这些手术近年可用内腔镜进行。术后肾积水及肾功能会有所改善。
肾积水主要的治疗是解除肾积水，不然长期积水容易引起肾实质受压，而导致肾功能减退，甚至肾衰竭而进入尿毒症期。要明确病因，常见的泌尿系结石或肿瘤引起的梗阻，还有前列腺增生引起的梗阻。治疗上要祛除病因，结石引起的通过排石，手术等治疗，肿瘤引起需要手术切除。
是由于部位的肌细胞被大量胶原纤维分离，失去了正常的排列，不能有效地传递来自起搏细胞的电活动，阻断了正常蠕动的传送。先天性肾积水大都是因为机械性梗阻导致的。
局部处理，如粘连分离，纤维索带切断，血管移位再吻合，结石摘除等，对于局部压迫过长已造成输尿管局部发育严重受损时，应将此段输尿管切除再吻合；手术治疗，对于比较严重的肾积水致患侧肾功能全部丧失或有严重感染积脓，但对侧肾功能良好，可行患肾切除术。
体外冲击波碎石，是利用体外冲击波聚焦后击碎体内的结石，使之随尿液排出体外。优点是不需麻醉、不需手术。局部处理，如粘连分离，纤维索带切断，血管移位再吻合，结石摘除等，对于局部压迫过长已造成输尿管局部发育严重受损时，应将此段输尿管切除再吻合。
手术治疗，肾积水进行性加重，临床症状明显，肾功能不断下降，梗阻病因明确，有并发症存在，应手术治疗；体外冲击波碎石，是利用体外冲击波聚焦后击碎体内的结石，使之随尿液排出体外。优点是不需麻醉、不需手术。