进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
这个检查就是胃钡剂造影检查就是患者吞咽钡剂到胃里面，通过造影剂的显影可以看出一些胃以及食道方面的疾病，胃溃疡、胃部肿瘤、胃癌、胃息肉以及食道方面的溃疡，肿瘤类疾病。
早期肛瘘通过直肠肛门指检，可以摸到条索状的一个管道、大部分通过目测和直肠肛门指诊即可检查出来，少部分复杂或难以确诊的，做腔内超声或者是肛周超声或核磁共振进行确诊，通过直肠腔内超声，能够发现直肠肛围的脓肿、管道等。
胃镜检查时，医生右手持镜前段将胃镜放入舌根部，此时病人进行吞咽动作，将胃镜送入食道，而后继续向下送镜子观察胃及十二指肠情况。肠镜是利用一条装有微型摄影机的纤维软管进行检查，其由肛门进入肠道，顺势观察肠腔情况。
早期脱肛与痔疮、肛乳头肥大症状相似，都是无痛性肿物脱出，极易造成不规范的小诊所及经验欠缺的医师误诊，因此，检查脱肛，先进的检查仪器必不可少。对于脱肛、痔疮等肛肠疾病的检查，还通过科学的专业仪器——德国GU-C四维超导造影检查系统。
