藿香正气水的主要作用是用于治疗胃肠感冒，或者胃肠炎症见脘腹胀痛、呕吐、泄泻或者发热、头痛、头昏、身痛等，此时的腹痛，症状较轻的可以喝藿香正气水缓解，但是如果疼痛特别严重，这种药物没有止痛的作用。
霍香正气水和酒同服是有很大危害的。两者相用对于祛除患者的相关症状包括头晕、恶心、呕吐、周身乏力等等没有任何好处。反而会使病情加重，特别是使醉酒加重使患者呕吐不止、狂躁甚至出现痉挛，降低人体的免疫力，还会诱发感染。
藿香正气水小孩不能喝，因为孩子胃肠消化功能发育还不完善。此药物具有解表化湿，理气和中的作用。可用于外感风寒，内伤湿滞或者夏月暑湿所致的感冒，症见头疼昏重，胸膈满闷，脘腹胀痛，呕吐腹泻，或者是胃肠型感冒皆可应用。
藿香正气水可能会导致失眠。
喝了藿香正气水后失眠，不需要过度紧张。这是因为藿香正气水中的紫苏起到了温补散寒的作用。有些人喝后会出现轻微的出汗症状，不需要刻意处理。如果失眠，可以适当放松，注意洗脸、洗脚，打开窗户，保持室内通风，或者适量喝温水，都可以缓解症状。建议不要睡前喝藿香正气水，还有就是多吃蔬菜水果。
藿香正气液的功效是可以解表化湿，理气和中，临床上可以应用藿香正气液进行口服，也可以外用，藿香正气液口服主要是可以治疗感冒，胃肠道不适，特别是水土不服所导致的腹泻，对于外感风寒所导致的肺内感染，呼吸道感染都有很好的疗效。
怀孕最好不要吃藿香正气水。
孕妇在怀孕初期最好不要服用药物，因为孕早期是胎儿发育的重要阶段，如果用药不当，可能会影响胎儿的正常发育，严重的还会导致胎儿发育畸形的情况。如果孕妇在怀孕期间患有感冒，可以先通过多喝热水进行改善，不可自行用药，如果症状仍得不到改善，可以前往医院进行检查，在医生指导下正确服用药物进行治疗。
