右侧卵巢巧克力囊肿是对怀孕有影响的，卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种类型。对有生育要求的女性，采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，可以采用保守性手术，如腹腔镜手术，以保留正常卵巢和生育功能。如果年龄较大且无生育要求的女性，可以切除全子宫以及一侧或双侧卵巢和输卵管。
卵巢内有巧克力囊肿需要及时到医院进行手术治疗。巧克力囊肿是肿块，不是肿瘤，是子宫内膜异位症，主要是由于月经期子宫壁脱落的子宫内膜碎片因引流不畅，不能全部从阴道排出，有少量经输卵管向盆腔倒流，如果散落到卵巢上，就形成了巧克力囊肿。
彩超检查具体明确囊肿的数值大小以及囊肿对于卵巢的刺激程度选择合适的治疗方案，如果对于卵巢影响不是很大可以选择药物治疗。首先要监测有没有排卵。做个输卵管造影，看看输卵管是否通畅，子宫形态有没有异常，还要排除免疫性不孕。
对于出现这种病情的病人。要根据病人的具体病情以及相关的检查结果来选择进行微创手术治疗，也可以选择进行手术治疗，如果囊肿比较小，可以选择手术治疗，可以选择腹腔镜或者是开腹卵巢巧克力囊肿剥除术，手术之后还是需要使用西药进行巩固。第三，可以选择彩超引导下的穿刺手术。
以及治疗预后不一样，中医与西医见解不同，西医认为子宫内膜异位症属于雌激素依赖性疾病，治疗采取口服类雄性激素药，不同年龄不同生育要求治疗建议中医认为该病主要与痰瘀有关，痰浊阻遏经脉，影响冲任，致使经血不调，运行不畅，影响水液代谢，痰瘀是产生子宫内膜异位症症状和体征的关键。所以要慎重根据自身的状况来选择治疗。
卵巢囊肿的分类比较多，原则上功能性的囊肿是不需要手术，有自行消褪的可能，如卵泡囊肿、黄体囊肿等，但非功能性的，如卵巢巧克力囊肿、卵巢囊性肿瘤只有通过手术才能治好。
